В период 1990-1992 годов в Астраханской области стали открываться церковные приходы, был зарегистрирован приход церкви Христа Спасителя. В те годы церковь размещалась в абсолютно не приспособленном для этого обветшалом здании из красного кирпича. На его кирпичном фронтоне сложена надпись «1912 год». В этом здании была церковь до 2002 года, сейчас там работает воскресная школа.
В 1995-1997 годах стали выделяться деньги на строительство нового храма. Первый камень храма заложили в ноябре 1996 года. В 2002 году строительство было окончено. Святейший Патриарх всея Руси Алексий Второй передал Красноярской церкви крест с дарственной надписью, который хранится в алтаре храма. Освящение церкви 28 октября 2002 года проводил Его Высокопреосвященство Преосвященнейший Иона, Архиепископ Астраханский и Енотаевский.
