О храме Петра и Павла в Черном Яру сохранилось очень мало достоверных сведений. Наиболее вероятное время постройки, конец XVII века и начало XVIII века. Город Черный Яр упоминается в записях путешественников еще с 1600 года. Он стоял на берегу Волги, в 208 верстах к северу от Астрахани, и 158 верстах к югу от Царицына и входил в систему южных крепостей, для защиты волжских торговых путей и торговых караванов, шедших с Востока на Запад. Несколько раз, после обвалов берегов и пожаров, город переносили на полверсты.
В Черном Яру, долгое время бывшем фактически самым южным форпостом не только Астраханской губернии, но и всей Руси, защищавшем окраину от набегов татарской конницы, калмыков и казачьих воровских шаек, вместе с деревянной крепостью была построена и первая церковь, Воскресения Христова, с боковыми приделами, освященными в Честь Казанской Божьей Матери и Святителя Николая Чудотворца, сгоревшая во время пожара в 1654 году, восстановленная позднее в перенесенном городе, и полностью разрушенная при пожаре 1741 года.
Именно с этим храм связано прославление удивительного местночтимого святого, преподобного отрока, схимонаха Боголепа, бывшего сыном воеводы Якова Лукича Ушакова, принявшего постриг в семилетнем возрасте за несколько дней до смерти в 1654 году. Могила святого была расположена возле церкви, над ней была возведена часовня, которая по приказу Петра I была снесена.
Стараниями местного купца была построена вторая церковь, Воскресения Господня, причем, левый придел был освящен во имя Святого мученика Иоанна Воина, а правый в честь Святителя Николая Чудотворца, Архиепископа Мир Ликийских.
Этот храм интересен также тем, что придел Святого мученика Иоанна Воина был построен и освящен первым в 1741 году, и построен он был прямо над могилой Святого Боголепа. Многие чудеса явил этот святой. Хотя поклонение ему в основном распространено в Черноярском, Енотаевском районах области, его иконы находятся во многих храмах региона, причем, на некоторых она изображен не ребенком, а юношей. Сам же храм был освящен только в 1750 году. Однако, и этот храм не сохранился до наших дней он находился на берегу Волги и рухнул в подмытый водою яр.
Кладбищенская церковь во имя Святых Апостолов Петра и Павла интересна тем, что ее пол составлен из элементов чугунного литья, возможно, именно это и спасло храм и сохранило до нашего времени.
От прежнего места на берегу реки храм перевезли в безопасное место, где он располагается и сейчас.
