Восстановление монастыря началось с 1992 года. На сегодняшний день основные работы завершены, открыты оба храма и колокольня, но на этом план возведения монастыря не заканчивается. Главной доминантой монастыря является проходная колокольня. Первая колокольня была построена в 1848 году. В 1926 году комиссией было принято решение снять шпиль с колокольни, угрожавший падением. В 1930-х годах колокольню полностью взорвали, а на ее фундаменте построили железнодорожную школу, впоследствии преобразованную в среднюю общеобразовательную школу № 32. Когда пришло время восстановления колокольни, остро встал вопрос о месте строительства, так как на тот момент школа все еще действовала и в ней обучалось около 600 учеников. Новую колокольню решили строить слева и впереди от школы, в западной части обители напротив Иоанно-Предтеченского храма.
Изменилось не только расположение колокольни, но и ее внешний вид. Из-за того, что современные постройки сильно зажали Казанский монастырь и вторглись в общественное пространство обители, было принято решение построить колокольню в два раза выше прежней. Строительство колокольни началось в 2009 году, а закончилось в 2011-м году. Шпиль на колокольню устанавливали при помощи вертолета. Общая высота колокольни составляет 106 метров, делая ее третей в России по высоте, после колокольни Петропавловского собора в Санкт-Петербурге и колокольни Спасо-Преображенского собора в Рыбинске. В 2012 году в Воронеже было отлито 14 колоколов, которые подключили к часам колокольни, смотрящим циферблатом на все четыре стороны. Со строительством колокольни монастырь обрел центральный парадный вход. В ночное время все колокольни Тамбова ярко подсвечиваются.
30 августа 2014 года патриархом Московским и всея Руси Кириллом была освящена новая монастырская колокольня.
