В первой половине XVIII архангельский губернатор Иван Петрович Измайлов обратился к архиепископу Варнаве: «Предлагаю Вашему архипастырству на рассуждение, дабы умерших тела хоронены были вне города…». После этого в Архангельске вступил в силу Указ, запрещающий погребать почивших в Бозе в черте города во избежание эпидемий и в связи с риском «чумных бунтов».
Коренная кладбищенская Преображенская церковь на первом загородном кладбище простояла недолго. После того, как она сгорела в 1806 году от удара молнии, здесь возвели храм во имя святых Пророков Божиих Илии и Елисея на средства знаменитого архангельского купца первой гильдии Якова Петровича Никонова. Своё имя в истории поморской столицы этот человек увековечил огромным количеством добрых дел.
Как гласит летопись, «рождённый в духовном звании, будучи иконописцем, трудами рук своих он помогал родителям в их трудах, а по кончине их, быв еще в молодости, при весьма недостаточном состоянии воспитывал оставшихся на попечении его братьев и сестер». Первоначальный капитал предприимчивый иконописец сколотил на оптовой торговле хлебными припасами. Затем в Архангельске Никонов «купил дом у советника Александра Зубкова, пивоваренный завод и лесопильную мельницу в Великоустюжском уезде». Прославившись благочестивой жизнью и став почётным гражданином города, он три раза в разное время назначался городским головой Архангельска. А в 1814 году Яков Петрович стал почётным представителем архангельского городского сообщества в Петербурге во время празднования Сретения Господня у императора Александра I.
Будучи удачливым коммерсантом и активным благотворителем, Никонов из своих собственных средств платил жалованье городскому писарю. Похоронен раб Божий Яков в 1819 году на Ильинском кладбище у самого входа в церковь, которую сам и построил.
К тому времени неподалёку от неё уже вырос ещё один храм – Преображенский, с колокольней, в основании которой была устроена богадельня. Звонница сохранилась до наших дней и сейчас служит учебной колокольней для начинающих звонарей.
В связи с тем, что в двадцатых годах кафедральный Свято-Троицкий собор города заняли раскольники-обновленцы, статус главного собора перешёл к Преображенской церкви. Однако в тридцатые года оба прихода закрыли, а Преображенскую церковь стали растаскивать по кирпичам.
В годы Великой Отечественной войны, во время краткосрочного потепления в отношении властей к церкви, уцелевший Ильинский храм был возвращён архангельской епархии. В 1944 году ему присвоили статус Кафедрального собора, сохранившийся по сей день.
