В начале XX века территория монастыря находилась непосредственно за чертой города и, скорее всего, пустовала. Комитет по строительству обители был образован 16 мая 1903 года, а 17 февраля 1904 года городская дума утвердила передачу участка под архиерейское подворье Саратовской епархии, где Царицын являлся вторым по значению городом. В 1905 году здесь появились первые сооружения, летняя церковь Сошествия Св. Духа на апостолов, поначалу вмещавшая около 100 человек, площадь четверика 12×12 метров и крошечный дом пономаря. Автором зданий, вероятно, был епархиальный архитектор Алексей Салько. Трапезная и колокольня к церкви были пристроены лишь в 1907 году, 28 октября состоялось освящение.
Заведовать подворьем с 1 марта 1908 года Гермоген поставил иеромонаха Илиодора, который за литературную деятельность в Почаевской лавре был переведён в Саратовскую епархию.
В 1913 году монастырь был преобразован в женский.
В 1923 году монастырь был закрыт, а здания заняты различными учреждениями. В годы Великой Отечественной войны здесь размещались ремонтные мастерские, затем, воинская часть.
Фазанарий с несколькими редкими птицами открылся в монастыре в апреле 2010 года. Благоустройством фазанария занимаются монашествующие и студенты Православного университета.
К обители в 2011 году приписана часовня Иоанна Богослова на склоне берега реки Царицы у Второй Продольной магистрали.
Число монашествующих в начале 2012 года составляло 13 человек.
