Самая первая церковь, основанная в селе Трехсвятском. Она была построена к великому празднику Покрова Божией Матери и освящена в этот день. Царь Иоанн Васильевич Грозный, «узнав об основании нового русского селения Трехсвятского, послал в него икону Трех Святителей, которая была поставлена в первой церкви Покрова Пресвятой Богородицы, бывшей в то время единственной во всей Елабуге». Вначале это была деревянная церковь. Рядом с ней был построен придел во имя Пророка Божия Илии. Отец Петр Кулыгинский, со слов своего отца, протоиерея Никиты, служившего при этой церкви в течение 5 лет, оставил нам описание устройства этой церкви. Деревянная эта церковь стояла по левую сторону нынешней. Она была огромная и высокая, с небольшими окнами в два ряда, обнесенными железными решетками. Наверху церкви было сделано 10 глав, обитых белым железом. У входа в храм с запада до северных дверей было большое крыльцо с крышею на столбах. Внутри храма подле стен и даже посредине наделаны были лавки.
С годами церковь с приделом ветшала, и даже горела, и в 1813 году вместо обширной деревянной Покровской церкви было решено построить каменную, третью по счету со времени основания Покровской церкви. В это время в Елабуге было широко развито кирпичное производство. Глины было достаточно, и кирпич был хорошего качества. Чтобы постройка была более качественной, строительство проводилось только летом. В 1820 году на пожертвования прихожан начали строить каменную церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы с приделами Илии Пророка и Трех Святителей. На сборной книге, выданной для постройки церкви елабужским Духовным Правлением в 1776 году, имеется следующая надпись, «Сборная книга, выданная из Елабужского Духовного Правления Казанского уезда Зюрейской дороги Елабужского заказа дворцовой Елабужской волости села Елабуги Покровской церкви церковному старосте тогож села дворцовому крестьянину Алексею Васильеву сыну Рудознаеву для записи сборных доброхотных дателей прибыльных в 1776 году».
В празднование 1000-летия Крещения Руси в 1988 году назначение на должность настоятеля в Елабугу получил протоиерей Сергий Лепихин. Покровский собор обещали вернуть православному объединению Елабуги еще в январе 1988 года, и во время празднования 1000-летия Крещения Руси в Казани об этом представителями власти было заявлено как о свершившемся факте. На деле же оказалось не совсем так.
Приходскому совету пришлось неоднократно встречаться с работниками Совета по делам религии при Совете Министров Татарстана, конкретно с Юрием Васильевичем Михайловым, который в то время был зам. председателя этого Совета. Пришлось также дважды ездить в Москву, в Министерство культуры. И только в декабре 1988 года были получены все необходимые документы. Конечно, до зимы наши прихожане не бездействовали, проводили многочисленные субботники. 70- 80-летние прихожане часами трудились на восстановлении храма, выполняя самую тяжелую работу. Они как будто совсем не чувствовали усталости, удивляли окружающих неиссякаемой энергией. Так, Яков Иванович Кобелев, будучи в почтенном возрасте, после того как мы вынесли из храма около четырех кубометров земли, за двадцать дней почти в одиночку из старых плит выложил половое покрытие. И вот наступил долгожданный день, 2 октября 1988 года, день первой службы в Покровском соборе. Разрешение на нее после многолетнего перерыва было получено в горисполкоме. Службу возглавил архимандрит Анастасий, ныне наш правящий архиерей.
