На месте возрожденной церкви стоял собор, построенный в 1857-1868 годах по проекту известного петербургского архитектора Г. А. Боссе. Храм был каменный, пятиглавый, трехпрестольный в честь Казанской иконы Божией матери с четырехъярусной надпапертной колокольней, освященный 9 сентября 1868 года архиепископом Вятским Аполлосом Беляевым. Приделы были освящены в честь Иоанна Предтечи и св. Параскевы Пятницы.
В 1918 году монастырь был официально закрыт. Община Казанско-Богородицкой церкви в 1928-1929 годах неоднократно обращалась в Елабужский горсовет с просьбой вернуть ей храм, однако в 1930 году собор Казанской иконы Божией Матери была разрушен.
Большое событие в жизни возрожденного монастыря произошло 31 октября 2012 года, когда митрополитом Казанским и Татарстанским Анастасием был торжественно освящен вновь отстроенный главный храм обители, во имя Казанской иконы Божией Матери.
