Храм Сергия Радонежского Иоанно-Предтеченского монастыря, второй храм, дошедший от эпохи Троице-Сергиева монастыря, освящен в честь преподобного Сергия Радонежского.
В 1551 году неподалеку от Троицкой церкви была возведен из дерева храм Сергия Радонежского. Место для храма было выбрано в центре монастырской территории, между стоявшей у ворот Троицкой церковью и крепостной стеной. Сергиевский храм был построен одновременно с собором Рождества Богородицы и освящен 17 июня 1551 года соборным протопопом Афанасием Антоновым. В 1604 году при Борисе Годунове в Свияжске вместо деревянной церкви, псковскими мастерами возводится двухэтажная белокаменная церковь, сложенная из массивных известняковых блоков. Это предельно простой кубовидный храм, выстроенный из белого камня и увенчанный непропорционально маленькой главкой. Храм был переименован в Церковь Преподобного Сергия Радонежского Чудотворца и был вновь освящен 25 сентября 1604 года, о чем свидетельствует древняя надпись на стене храма, «В лета 7113 году сентября в 25 день поставлен и освящен бысть сей храм во имя преп. отца нашего игумена Сергия, Чудотворца Радонежского».
Храм Сергия Радонежского, последний на Руси храм эпохи «до Смутного времени». Борис Годунов, о царствовании которого почтительно упоминается в той же надписи, скончался при загадочных обстоятельствах полгода спустя. Началось время сменявших друг друга самозванцев и лишь 8 лет спустя тот же преп. Сергий, трижды явившись во сне Кузьме Минину, повелел собирать спасительное ополчение. Окрестности Свияжска, со всеми монастырскими владениями, сильно пострадали от грабежей Смутного времени и неизвестно, удалось бы довести до конца строительство церкви, если бы не успели до осени 1604 года, последнего мирного года перед бурей.
Храм Сергия Радонежского являет собой образец архитектуры русских столпообразных храмов XVI века и начала XVII века. Он сложен из белого тесаного камня разной величины. Церковь была устроена на втором этаже трапезной монастыря. Нижний этаж служил складом для монастырского хозяйства, а еще раньше тут, по преданию, располагались кельи, и жили монахи. Сохранились остатки внешней фресковой росписи на западной стене, справа от портального входа в церковь: композиция ветхозаветной Троицы, изображения Сергия и Никона начала XVII века. Внутри храм тесен вследствие необыкновенной толщины стен. В нем три престола, каждый с особым приделом. Первоначально было два престола, но в 1796 году, вскоре после перенесения Иоанно-Предтеченского монастыря на настоящее место, устроен был в этом храме третий придел во имя святого пророка Иоанна Предтечи.
Здесь находилась главная святыня Свияжска, древняя храмовая икона преподобного Сергия Радонежского, небесного соратника и молитвенника земли русской, покровителя города Свияжска. Согласно преданию, икона преподобного Сергия специально была привезена из Троице-Сергиевой Лавры в 1551 году, перед возведением города на Круглой Горе. Под сению этой святыни воздвигался новый христианский город на крутой горе; пред ней усердно молилось и просило себе небесной помощи русское христианское войско, покорившее Казань. Ныне она хранится в Казани в церкви Ярославских чудотворцев.
Храм Сергия Радонежского примечателен своим иконостасом, он одноярусный, написан в древнерусском стиле. Там же в зимнее время находится рака с мощами святителя Германа. Храм Сергия Радонежского очень прост по архитектуре. Его внешние стены практически не имеют украшений, ровная белая гладь, прорезанная глубокими нишами окон. Самая высокая часть приземистого и длинного храма, юго-восточная. Над ней и возвышается ярко-зеленый купол. По диагонали, в северо-западном углу, надстроенная чуть позже маленькая колокольня. Внешнего алтарного выступа у храма нет, что очень необычно, вместо традиционных апсид, та же прямая стена, что и с любой другой стороны. На самом деле, алтарь помещается под упомянутым куполом. В средней части храма, как и в древности, расположена братская трапезная. Там стоит столп посреди зала, как в московской Грановитой палате или в Никольской трапезной церкви соседнего Успенского монастыря.
