Свияжский Богородице-Успенский мужской монастырь, изначально Свияжский Богородицкий монастырь, был основан в 1555 году одновременно с учреждением Казанской епархии. Основателем монастыря и его первым настоятелем стал архимандрит Герман Садырев-Полев, позже ставший вторым архиепископом Казанским, прославленный в лике святых как святитель Герман, Казанский чудотворец. Его цельбоносные мощи, главная святыня монастыря с 1592 года.
Свияжский Богородице-Успенский мужской монастырь, главный православный духовно-просветительский и миссионерский центр Казанской епархии и Среднего Поволжья на протяжении XVI—XVIII веков. По сохранившимся сведениям, типография для печати Священного Писания и богослужебных книг появилась в монастыре ещё при святителе Германе, раньше, чем типография Ивана Фёдорова в Москве.
В XVI—XVIII века монастырь был богатейшим в Среднем Поволжье и входил в число 20 самых богатых в России. За свияжским архимандритом было закреплено 7-е место по значимости на Руси. В землях монастыря накануне реформы 1764 года числилось 7200 мужских крестьянских душ, столько же, сколько во всех остальных монастырях Казанской епархии, вместе взятых.
По монастырской реформе 1764 года, монастырь возведён в I класс, высший для монастырей Российской империи. До 1809 года был единственным первоклассным в Казанской епархии, с 1809 года этот статус получил и Казанский Богородицкий монастырь.
Обеднение в XIX веке города Свияжска, а также последствия секуляризации церковных земель 1764 года, привели монастырь к упадку. Братия, когда-то превышавшая 100 человек, к началу XX века едва достигала 20-25 монахов и послушников, а доходы монастыря стали уступать доходам других монастырей епархии.
9 августа 1918 года красноармейцами был зверски убит без суда последний настоятель обители, епископ Свияжский Амвросий Гудко, прославленный в лике Собора новомучеников и исповедников Церкви Русской в 2000 году.
В годы становления советский власти монастырь был закрыт и разграблен, а рака с мощами святителя Германа вскрыта красногвардейцами. Впоследствии, мощи сокрыли под престолом кладбищенского храма Ярославских чудотворцев города Казани, а в 2000 году вновь возвращены в Свияжск.
В советское время территорию обители занимала психиатрическая больница, которая в 1994 году была выведена.
В 1997 году Свияжский Богородице-Успенский мужской монастырь был официально возрождён.
14 июня 2019 года в монастыре была отреставрирована и открыта мемориальная келья основателя монастыря святителя Германа Садырева-Полева. 28 августа того же года митрополит митрополит Казанский и Татарстанский Феофан Ашурков освятил отреставрированный Успенский собор монастыря. 20 августа в монастыре был восстановлен памятник преподобному Сергию Радонежскому, созданный в конце 1990-х годов по благословлению игумена Кирилла Коровина, однако утерянный при реконструкции монастыря, его обнаружили закопанным в землю у алтарной части Успенского собора.
