Это первый деревянный храм Макарьевской пустыни построен в середине XVII в и освящен в честь Вознесения господня. В начале XVIII века, дата на антиминсе 1703 год, он был заменен каменным храмом с тем же названием. В середине XVII века монастырь фактически был закрыт, лишь в Вознесенской церкви изредка служили службы приезжавшие монахи. Восстановление пустыни начинается в конце XIX века. В 1835-1839 годах монастырский храм возобновлен, он был построен двухэтажным. На втором этаже был главный престол в честь чудотворной иконы Вознесения Господня, на первом этаже правый престол во имя Ватопедской Божьей Матери, левый во имя Преподобного Макария Желтоводского. Могила Исайи, основателя пустыни, оказалась в наружной стене Ватопедского придела и точное место ее до сих пор не определено. В храме находились самые почитаемые иконы монастыря, Преподобного Макария, принесенная Исайей, и Ватопедской Божьей Матери, принесенная в начале XIX века с Афона. Церковь построена на средства жительницы Свияжска Надежды Ивановны Саврасовой, а колокольня на средства казанского купца Евграфа Александровича Лебедева.
