История создания Никольской церкви на Красной Горке начинается в период XVII века. Приход Никольской церкви существовал уже с 1670 года. С XVII века и минимум до 1750 года Красная Горка являлась вотчиной архиерейского дома. В 1749 году село называлось Красногорка.
Каменный храм построен был прихожанами в 1778 году на месте деревянной двухпрестольной Никольской церкви. Основание самостоятельного прихода в с. Красная Горка относится ко второй половине XVIII века. В ранее существовавшей деревянной церкви имелся придел во имя иконы Божией Матери Неопалимая Купина.
В 1828 году построен правый придел в честь чудотворной иконы Грузинской Божией Матери. В 1902 году к храму с левой стороны был пристроен придел во имя Архистратига Божиего Михаила.
Особенностью данного храма считалась старинная икона Святого Николая, привезенная при священнике Иоанне Чистосердове в XVII веке из центральной России.
Церковь была развитым хозяйствующим субъектом. Экономических крестьян у церкви на Красной Горке было, при 133 дворов, 395 мужчин и 469 женщин.
Церковь неоднократно подвергалась перестройке. В 1873 году утвердили проект на пристройку каменной паперти.
С 1880 года Священником Никольской церкви стал Иван Флегонтович Черкасов, окончивший казанскую духовную семинарию в 1858 году. В Сане и Должности с 1859 года. С 1879 года, священнику стал помогать служить диакон Алексей Петрович Стеклов. С их приходом церковь получила дополнительный импульс своего развития. При церкви в 1883 году было образовано приходское попечительство. В 1886 году была построена каменная ограда с железной решеткой, вокруг храма. Долгие годы, храм подвергался капитальной перестройке. В 1891 года гражданским инженером Остовским была составлена смета на лесной материал, необходимый для сооружения каменной колокольни и расширения церкви, но не была утверждена, так как, не было указано размеров и квадрата содержания. В том же году архитектором Тюфилиным была повторно, составлена смета на строительный материал, необходимый для сооружения новой каменной колокольни и нового каменного трапезного отделения, оказалось необходимо 540 бревен. Смету утвердили. В 1894 году, на средства церковного попечительства, и отчасти прихожан, построили колокольню, и расширили трапезную. В 1902 году на те же средства, была исправлена штукатурка на стенах и окнах в старом правом приделе. Проект на расширение храма датировано 1900 годом.
Кроме того, был закончен новый левый придел, заложенный в 1900 году, он был покрыт железом, внутри оштукатурен и снабжен двумя круглыми печами.
Никольская церковь стала трехпрестольная. Как писали тогда, «Главный храм холодный, во имя Святого Николая Чудотворца. Приделы теплые, с правой стороны во имя Грузинской Божьей Матери, с левой во имя Архистратига Божия Михаила и прочих бесплотных небесных сил». Все это говорит о значительном развитии церкви и ее роли в пригороде Казани.
В церковь приходили прихожане не только из села Красной Горки, но и из Куземетьево, Займище, Аракчино. Общее количество дворов 275, прихожан 1604 человек.
Церковь обладала землей. Земли было 67 десятин 92 саженей, из них 8 десятин, так называемой «удобной», и 6 десятин, так называемой «неудобной», луговой в пользовании причта, а остальная в пользовании прихожан за ружные деньги по 75 копеек с пахотной души. Это свидетельствует об экономической стабильности церкви в то время. В 1909 году дворов стало уже 298, а прихожан 1776 человек. В 1913 году был утвержден проект на расширение арки в главной части храма. Арку расширили. К этому времени церковь превратилась в довольно крупную на 850 расчетных мест. В архитектуре фасадов сочетаются элементы барокко, русского стиля, свидетельствующие о разновременности постройки. Предположительно, покрытие главной части храма первоначально было купольным, впоследствии, заменено на скатное.
В конце 1928 года началась регистрация Никольского религиозного общества Красной Горки, юридически завершившаяся в январе 1929 году.
С 1990 годов храм стал вновь функционировать. В 2001 году, был выполнен проект реставрации, которым было предусмотрено восстановление барабанов и главок храмовой части и колокольни. Разработан проект новых ворот, в новых размерах, по уже заложенному фундаменту, рисунок калитки аналогичен первоначальному.
В последние два года проведена большая работа по восстановлению и благоукрашению храма. Обновлен иконостас, восстанавливаются приделы.
