Храм был возведен в срок с 1797 года по 1804 год на средства помещика Павла Петровича Нарышкина. Правый придел был освящен в честь его жены Варвары. Подрядчиком и строителем был местный крестьянин Андрей Иванович Рябина. Левый придел построен в 1890-1891 годах на средства, собранные священником Андреем Боголюбовым, крупную сумму пожертвовали маркиза Елизавета Михайловна Паулуччи, владевшая селом с 1881 года, и ее муж Александр Филиппович.
Уроженкой Ключищ была первая российская медсестра Дарья Лаврентьева, известная как Дарья Севастопольская. В 1891–1892 годах она жила в Ключищах и пожертвовала в храм несколько икон.
В 1801–1825 годах в приходе служил священник Семен Иванович Чернышов. Служивший в храме в 1887–1905 годах священник Андрей Иванович Боголюбов составил и опубликовал описание храма и прихода.
В Советское время, он, как и многие другие Российские храмы подвергся осквернению, был опустошен и закрыт.
Реставрация храма велась в 2011 году на средства благотворителя, председателя правления акционерного общества банка «Заречье» Натальи Владимировны Девятых.
26 ноября 2011 года архиепископ Казанский и Татарстанский Анастасий совершил торжественный чин освящения церкви, которая обрела с этого времени новых небесных покровителей, её придельные храмы были освящены в честь двух почитаемых во всем христианском мире святителей, Спиридона Тримифунтского и Николая Мирликийского, а главный престол, как и в дореволюционное время, был освящен в честь Иоанна Предтечи.
