Алексеевский храм во всем был третьим в монастыре. И по размерам, и по времени постройки. Он являлся надвратным и замыкал собой весь ансамбль с востока, находясь в противоположном конце от Всехсвятской церкви. Его построили только через 40 лет после нее, в 1720 году. Это был изящнейший и типичный для рубежа XVII-XVIII веков многоярусный ступенчатый храм, высокий и необыкновенно узкий, как сторожевая башня. Самое интересное, что по высоте он нисколько не уступал ни Успенской, ни Всехсвятской церквям, хотя по площади был в несколько раз меньше.
В то время на смену каменным шатрам почти во всем русском церковном зодчестве как раз и приходили такие вот необычайные «лествицы в небо», высотные ступенчатые храмы и колокольни. Они словно разрубили собой XVII и XVIII века. Их изумительные силуэты до сих пор радуют глаз паломников в самых разных монастырях России. Особенно часто, даже едва ли не как правило, их возводили в те годы как раз именно над вратами святых обителей. Иногда над святыми колодцами, как в Троице-Сергиевой лавре, лаврская часовня над кладезем, близ Успенского собора, формой очень напоминает Алексеевский храм, только намного более богато украшена лепниной, а позже даже раскрашена, то есть перестала быть белокаменной.
Но самое поразительное сходство с церковью Даниила Столпника в Свято — Даниловом монастыре Москвы, построенной тогда же. Другой аналог Алексеевского храма находится гораздо ближе, достаточно съездить не в Москву, а в Раифу и внимательно рассмотреть там храм свв. мучениц Веры, Надежды, Любви и матери их Софии, чтобы получить представление о том, как же выглядела несохранившаяся зилантовская церковь. Обе стояли в монастырях над теми входными вратами, что позже были заделаны
Это был столпообразный четверик в два этажа высотой. В первом как раз находилась арка ворот, а во втором сам храм, его полукруглый алтарь нависал снаружи козырьком над воротами. Каждый входящий должен был проходить под святым алтарем. Над четвериком двумя ступеньками возвышались еще 2 изящных восьмерика, верхний совсем крошечный: такие маленькие восьмерики в архитектуре назывались «фонарями». Свет из их окон изливался в сумерках, действительно, как из фонарика. Наконец, венчал все это изящное храмовое сооружение маленький купол на высоком барабане. С внутренней стороны храм был окружен галереей. Узкая лестница вела над вратами внутрь. Как выглядела церковь внутри в XVIII веке, мы не знаем. Храм, из-за маленьких размеров неудобный для богослужений, очень сильно обветшал и в 1829 — 1830 годах был обновлен. Тогда же были полностью заложены ворота, хотя храм по старой привычке еще называли надвратным. По монастырскому отчету 1739 года, что при ней тогда имелся придел во имя преп. Герасима Иорданского.
Описание икон и святынь церкви сразу после ремонта сохранилось до нас по одной из монастырских описей 1832 года. По ней видно, что все святые реликвии остались прежними, очень старинными . Дорогих риз в Алексеевской церкви не было. Называются среди икон этой церкви, образ Божией Матери «Утоли моя печали», украшенный медным позолоченным венцом, иконы свв. Бориса и Глеба и Великомученицы Варвары. Лампад в церкви было всего 5 — «медных, старых». Над самим Алексеевским храмом в 1829 году устроили придел во имя Виленской иконы Божией. Это очень необычное размещение, чаще главный храм находится на втором этаже, а придел на первом. Здесь получилось наоборот. Из-за ступенчатой конструкции храма верхний придел получился совсем крошечным. Он вмещал лишь несколько человек, которым приходилось подниматься по очень узкой и крутой винтовой лестнице. Вероятно, по аналогии с таким же маленьким Софийским храмом Раифского монастыря, он использовался как исповедальня.
В небольшом пространстве под двумя престолами, оставшуюся от заложенных ворот, устроили братскую трапезную, которая была капитально обновлена в 1894 году при архимандрите Антонии. Так в маленькой ступенчатой башне приютились сразу 3 помещения на трех разных уровнях: два престола и трапеза. Тысячи храмов в России были безвозвратно упразднены «за ветхостью» в XVIII-XIX веках, даже и гораздо более крупные и удобные, а этот пережил революцию и достоял до 1920-х годов.
