В 1799 году на Новом городском кладбище г. Белгорода на средства прихожан была построена Свято-Никольская кладбищенская часовня. В 1867 году в часовне был расширен алтарь и устроены приделы. Престолов в церкви тогда было четыре: главный — во имя святителя Николая; в южном приделе — во имя св. муч. Харлампия; в северном приделе — во имя св. преподобного Иоанна Многострадального, затворника Печерского; в трапезе с южной стороны — в честь Рождества Иоанна Предтечи.
В 1962 году в Белгороде был закрыт Преображенский собор, старинный иконостас XIII века из Преображенского собора был перенесён в кладбищенский храм, где и пребывает по сей день. С этого времени до 1990 года храм получил статус кафедрального Иоасафовского собора г. Белгорода.
В 1990 году кафедра перешла во вновь открывшийся для прихожан Преображенский собор, а Иоасафовский собор стал именоваться Николо-Иоасафовским. В настоящее время в соборе имеется два престола: главный — во имя святителя и чудотворца Николая, архиепископа Мир Ликийских; в южном приделе — во имя святителя Иоасафа Белгородского.
