Каменная церковь на южных святых воротах монастыря еще в конце XVII века освящена в честь св. Иоанна Богослова. Однако после пожара в 1815 году надвратная церковь сильно пострадала, и в 1820 году разобрана и вновь восстановлена трудами игуменьи Софии, княжны Болховской. В 1825 году господа Пушкины пожертвовали 550 рублей на внутреннее устройство Софийской церкви. И уже в 1826 году она была освящена в честь св. мцц. Веры, Надежды, Любови и матери их Софии. В 1857 году были вновь окрашены стены и крыша церкви, а через год в июле была поставлена новая глава храма взамен ветхой. 30 декабря 1863 года настоятельница монастыря игуменья Дорифея представила Казанскому архиепископу Афанасию проект «О разборе Софийского храма с трапезным корпусом за ветхостью и теснотою и постройкою нового двухэтажного корпуса с устройством в нем церкви во имя святой мученицы Софии, общей трапезной и больницы». Однако, в связи с кончиной игуменьи Дорифеи и за неимением средств этот проект остался надолго неисполненным, а в последствии даже был кардинально изменен.
8 января 1866 года игуменья Каллиста заявила строительному Комитету по постройке нового каменного корпуса, что «монастырь может только тогда приступить к означенной постройке, когда будет иметь на этот предмет, по крайней мере, половинное количество сметной суммы». Другой настоятельнице монастыря игуменье Анфие Указом от 16 октября 1867 года было предписано «употребить все зависящие меры к начатию столь необходимой для монастыря постройки, т.е. больничного корпуса с церковью и изысканию к тому средств». В виду того, что и новая настоятельница отозвалась неимением наличных денег на выполнение этого Указа, Духовная Консистория предписала строительному Комитету в марте 1870 года приостановить свои действия. Деньги, оставшиеся от неудавшегося проекта, игуменья Анфия передала на закупку воска для свечного завода, который находился на территории монастыря и приносил хороший доход. В 1883 году игуменья Дорофея заменила предложенный в 1863 году проект о разборке Софийского храма с трапезным корпусом и справа от него начала постройку нового каменного корпуса с храмом в честь Воздвижения Креста Господня. Таким образом, надвратная Софийская церковь, в течение двадцати лет ожидающая реконструкции и сноса, вопреки всему простояла еще более сотни и стоит до сих пор.
