Монастырь был основан около 1567 года святителем казанским Германом, первоначально как подворье основанного ранее в 1555 году св. Германом Свияжского Успенского монастыря, в котором он в течение 9 лет был настоятелем. Подворье упоминается в писцовой книге 1565 года. В 1594 году митрополит казанский Гермоген, будущий Патриарх Всея Руси прославленный в лике святых, просил царя Феодора Иоанновича открыть в Казани Иоанно-Предтеченский монастырь на основе подворья Свияжского Успенского монастыря. 28 января Феодор Иоаннович издал указ об открытии монастыря.
Первоначально все постройки были деревянными. В 1649 году пожар уничтожил все строения, после чего в 1649—1652 годах монастырь заново отстроен в камне на средства богатого московского купца «торгового человека гостиной сотни» Гавриила Фёдорова-Антипина. Таким образом центр города украсил уникальный ансамбль, все строения которого возведены не просто в одну эпоху, а практически единовременно в 1649-52 годах. За три года был выстроен великолепный холодный 3-шатровый Иоанно-Предтеченский собор с двумя приделами, 5-купольная Введенская церковь с тесаными наличниками и восьмигранная колокольня с огневидными кокошниками и небольшим куполом. Первоначально трехшатровый храм назывался, возможно, Входоиерусалимским и 7 сентября 1652 года освящён митрополитом Казанским и Свияжским Корнилием. Этот храм имел три разновеликих глухих шатра на трех восьмигранных основаниях, которые опирались на свод, перекрывавший удлиненный четверик. К храму примыкала трапезная, окруженная с трех сторон арочной галереей. Из построек тех лет сохранилась 5-купольная бесстолпная Введенская церковь с типичным для XVII века декором и невысокая восьмигранная колокольня с одним ярусом звона, увенчанным 3 рядами нарядных кокошников. К сожалению, не сохранился главный храм тех же лет, Иоанно-Предтеченский собор, представлявший значительную архитектурную ценность благодаря своей редкой трёхшатровой форме. В XIX веке он был разобран за ветхостью и в 1887—1894 годах заменён новым, тоже трёхшатровым, собором, но и этот собор снесён в 1930-е годы. В остальном ансамбль сохранился почти без изменений как один из ценных архитектурных комплексов, определяющих облик центра Казани.
В 1992 года монастырь вернули Казанской епархии. Первым игуменом стал постриженник Троице-Сергиевой лавры игумен Давид Кораблёв. В монастыре восстановлена рака святителя Германа, в которую вложена частица его мощей. При строительстве казанского метрополитена, несмотря на многочисленные письма и обращения общин Ивановского монастыря и Никольского собора, между монастырем и кафедральным Никольским собором, практически вплотную, был вырыт огромный котлован, в результате чего во Введенском храме постройки середины XVII века по стенам пошли большие трещины. Несмотря на косметический ремонт, памятникам архитектуры был нанесен серьёзный урон.
С 1994 года возобновились службы в отреставрированном Введенском храме. По времени восстановления, монастырь является вторым в Казанской епархии после Раифского. Известен своей благотворительной деятельностью, единственная в Казани бесплатная столовая для неимущих, обеспечение временной работой бездомных и т. п.
