Безусловно, самым лучшим из всех культовых памятников Белозерска XVIII—XIX веков является церковь Иоанна Предтечи. Сооруженная в 1810 году в стиле зрелого классицизма, она вполне могла оказать честь архитектуре указанной эпохи как в Петербурге, так и в Москве. Ее строгая, изысканно парадная архитектура исключительно эффектна, а сложность общего замысла и большое мастерство исполнения выдают руку какого-то крупного столичного мастера. Проведенные нами исследования различных материалов и обнаруженные при этом чертежи позволяют считать автором проекта церкви знаменитого зодчего В. И. Баженова.
В одном из альбомов, хранящихся ныне в Научно-исследовательском музее русской архитектуры им. А. В. Щусева в Москве, так называемый Смешанный, или Десятый альбом Казакова, находятся план, фасад и разрез неизвестного храма. Все эти графические изображения почти полностью идентичны выстроенному в Белозерске зданию, лишь большая виртуозность чувствуется в отдельных деталях альбомных чертежей, в «переходе» между собственно храмом и трапезной, в боковых портиках трапезной и в устройстве лестниц. Очевидно, именно они и легли в основу сооружения церкви Иоанна Предтечи, в процессе которого почему-то не построили только колокольню.
Особенно красиво объемно-планировочное построение церкви Иоанна Предтечи с его тонко продуманной игрой закругленных форм. Основной ротондальный объем в два света, с полукруглой сильно выступающей апсидой обогащают с юга и севера два прямоугольных придела такой же высоты, с закругленными узкими концами. Короткий переход связывает ротонду с широкой, тоже двусветной трапезной, имеющей скругленные углы, четыре столба внутри членят ее интерьер на три продольных нефа, заканчивающихся с обеих сторон полукружиями. Прежде ротонда безраздельно доминировала в композиции, завершенная высоким куполом на световом барабане с трехчастными окнами и изящным цилиндрическим фонарем с маленькой главкой и шпилем.
Несмотря на потерю завершения и застройку западного фасада и перехода, памятник выглядит очень привлекательно, своим нарядным, светским по характеру убранством фасадов напоминая дворцовое сооружение. Приделы украшают изящные четырехколонные портики с фронтонами, которым соответствуют портики с четырьмя ионическими полуколоннами по сторонам трапезной, увенчанные фигурными аттиками; спаренные колонны поставлены между окон на полукружье апсиды алтаря. Радует глаз хорошо найденный рисунок всех окон храма без обрамлений, разделенных межъярусной карнизной тягой, внизу крупные прямоугольные проемы с нишами и сандриками, вверху круглые, забранные красивыми решетками. Все объемы храма, ротонду, приделы, апсиду, переход и трапезную, объединяет хорошего рисунка общий антаблемент с сильно вынесенным карнизом, над которым по краю кровли шла металлическая решетка из переплетенных кругов, частично сохранилась.