По предположению историков, место, где находится Холковский подземный монастырь, посетили князь Игорь Святославич и его брат Всеволод, когда пришли сюда из Новгород-Северского и Трубчевска и после встречи в мае 1185 года отправились по изюмскому шляху вдоль реки Оскол на юг к половецким кочевьям.
Более всего это место известно подземными храмом и пещерами, выдолбленными в меловом холме. В 1649 году здесь иноком Геласием был основан Холков-Царев-Никольский (позднее Троицкий) мужской подземный монастырь.
В 1764 году по приказу императрицы Екатерины II монастырь был упразднен, а подземный храм использовался для богослужений в зимнее время местными жителями, т.к. в пещерах в любое время года сохраняется постоянная температура.
В 1990 году пещеры были частично отреставрированы и открыты как музей. С 19 ноября 1995 года в подземном храме начали совершаться богослужения.
