Теплым зимним храмом для Иоанновского собора служила церковь во имя святого Власия Севастийского. Точных данных о появлении теплой церкви во имя Власия епископа Севастийского нет, но скорей всего, она была построена одновременно с холодной церковью Происхождения Креста. Первое письменное упоминание находим в «Сотной книге» 1630 года, « Церковь святого Власия, служатъ зимнимъ времянемъ, образы и книги и свечи и ризы и сосуды церковные къ зиме носятъ отъ Иванна Христа ради юродивого».
В 1649 году теплый храм Власия Севастийского сгорел. На его месте, по грамоте митрополита Ростовского и Ярославского от 5 сентября 1650 года, была построена новая теплая церковь во имя Священномученика Власия епископа Севастийского с приделом во имя Кирилла Белозерского чудотворца.
В «Писцовых книгах» 1683 года даётся более подробное описание церкви Власия Севастийского, «Того жъ приходу церковь древяная теплая о дву верхахъ во имя святого священномученика Власия епископа Севастийского»
В алтаре церкви Власия Севастийского на престоле Евангелие с медными Евангелистами, крест благословящий обложенный медью. За престолом образ Пречистой Богородицы Одигитрии. В самом храме царские врата деревянные, над ними деисус на семи деках ветхий написанный красками, образ Власия Севастийского с житием украшенный серебром, образ Благовещения Пресвятой Богородицы в молении со святыми.
Теплый храм Богоявления Господня небольшой низменный с одной главкой на глухой шейке. Крыша и главка железные крашеные, крест на главке железный золоченый. С южной стороны храма пристроена сторожка, а с западной три каменные кладовки между которыми узкая паперть. Своды в церкви каменные, полы плитяные, стены выкрашены.
Алтарь от церкви отделен каменным простенком с двумя дверьми, царскими и пономарскими. Предалтарный иконостас столярный с восемью колоннами, поддерживающими четыре карниза. Колонны оклеены золоченой бумагой. Сияние, резные Херувимы над карнизами, клейма, рамы и вся резьба золоченая.
Царские врата украшены резьбой, изображающей виноградные лозы с листьями и гроздьями, на них в шести клеймах: Евангелисты и Благовещение Пресвятой Богородицы. Справа от царских врат, образ Богоявления Господня, образ Священномученика Власия епископа Севастийского с чудесами древний греческого письма, написанный на золоте, возможно из первого каменного храма, образ Святого Николая Чудотворца. Слева от царских врат, образ Благовещения Пресвятой Богородицы, образ Архистратига Михаила на пономарской двери, образ Праведного Прокопия Устюжского. Над царскими вратами в клеймах Тайная Вечерня, над ней Дух Святой в виде голубя в сиянии, выше звездное небо и резной Господь Саваоф.
У северной стены церкви в отдельном киоте образ Праведного Иоанна Устюжского старинный с ризой и венцами, вышитыми серебром и золотом, венцы вышиты мелким немецким жемчугом.
Трапезная отделена от церкви каменным простенком с тремя дверьми. В простенках между дверей, образ Вседержателя и образ Божией Матери Всех Скорбящих Радости с надписью, «Истинное изображение съ чюдотворнаго образа всехъ скорбящих радосте, имеющагося въ царствующемъ граде Москве въ церкви Преподобнаго Варлаама Хутынскаго, что въ ордынской улице». Над дверьми и образами на стене по штукатурке изображено Воскресение Христово, Сретение Господне и Рождество Христово.
