Водяные врата с надвратной церковью Преображения Господня являются одним из самых запоминающихся архитектурных памятников при посещении Кирилло–Белозерского монастыря, особенно в летнее время, когда ворота открыты, и можно выйти непосредственно к Сиверскому озеру. П.И. Челищев в своем «Путешествии по северу России», пишет о церкви, «Преображенская на воротах, настоящий престол Преображению Господню, придельные Николаю Чудотворцу и мученицы Ирины». Водяные врата с надвратной церковью Преображения Господня находятся в средней части западной стены Большого Успенского монастыря, примыкающей к Сиверскому озеру между Хлебной башней с севера и Свиточной башней с юга. И ворота, и церковь датируются XVI веком, но ворота были построены ранее.
Церковь была освящена в 1595 году. Она была построена местной артелью под руководством старца Леонида Ширшова. Это последняя каменная постройка в монастыре XVI века. Композиция и архитектурные формы церкви во многом повторяли церковь Иоанна Лествичника, но имели и черты своеобразия, три главы в завершении, пощипцовое покрытие алтаря, живописность несимметричной композиции, наличие в интерьере не четырех, а двух столбов, вследствие чего барабан сильно сдвинут к востоку. В XVIII веке завершение храма неузнаваемо перестроено, а восстановлено оно в 1974-1975 годах под руководством С.С. Подъяпольского. Вход на паперть осуществлялся по каменной лестнице, расположенной в особой пристройке. Под папертью находилась палата, в которой пекли калачи и просфоры.
Внутреннее убранство церкви сохранилось так же полно, как убранство церкви Иоанна Лествичника. В главном четырёхъярусном иконостасе, одновременном храму, сохранилась основная часть икон в первоначальном виде. До наших дней не дошли лишь две деисусные иконы, образ Одигитрии и пядницы. Иконостас выполнен по всей вероятности небольшой группой художников, связанных с одним из северных художественных центров. При всей общности, присущей иконам ансамбля, некоторые из них особо выделяются неповторимым искусством. Это монументальные, роскошные и строгие царские врата, а также иконы «Преображение» и «Никола». Далеко не случайно, что основой композиции местного чина является крест, ведь в православном представлении преображение человека, приобщение его к божественному фаворскому свету осуществляется чрез духовный крест смирения и любви.
Первоначально под местными образами, обложенными басменными окладами, помещались шелковые пелены из «царьские дачи», по обе стороны царских врат помещались киоты с множеством икон. Местные иконы и царские врата реставрированы в Государственных центральных художественно–реставрационных мастерских им. И.Э. Грабаря, а остальные, в объединении «Росреставрация» под руководством И.П. Ярославцева.
