В 1488 году архиепископ Иоасаф, живший в Ферапонтове на покое, пригласил мастеров для возведения Богородице-Рождественского собора, долженствовавшего сменить старый деревянный храм, уничтоженный пожаром. Пожар этот был весьма силён и повредил многие монастырские постройки. Однако некое «сокровище», хранимое владыкой Иоасафом в своей келье и предназначенное им на нужды обители, осталось в целости. Видимо, оно-то и пошло на постройку каменного соборного храма. Строительство собора длилось около двух лет. Особенности его кладки и декора подсказывают, что тут не обошлось без ростовских мастеров. Это было бы логично, учитывая то, что заказчик, архиепископ Иоасаф, несколько лет провёл в Ростове и знал тамошних искусных зодчих. Возведение каменных храмов было тогда на Севере в диковинку. Ферапонтовский собор стал вторым северным храмом, отстроенным в камне, после собора Спасо-Каменного монастыря. Даже богатая и обширная Кирилло-Белозёрская обитель «запоздала», каменный собор здесь возвели семью годами позже, чем в Ферапонтове. Спустя двенадцать лет после строительства собора, в 1502 году, в Ферапонтово приехал известный живописец Дионисий с сыновьями — расписывать собор. «В лето 1502 месяца августа в 6 на Преображение Господа нашего Иисуса Христа начата бысть подписывати церковь, а кончена на 2-е лето месяца 9 сентября. А писцы Дионисий-иконник со своими чады. О, Владыко Христе, всех царь, избави их, Господи, мук вечных», гласит древняя надпись на северной стене собора Рождества Богородицы.
Фресковый ансамбль создавался стремительно, 6 августа мастера приступили к работе, а 8 сентября, к престольному празднику, уже завершили её. Именно этот единственный в своём роде памятник монументальной живописи прославил впоследствии Ферапонтов монастырь. До 1898 года эта чудом сохранившаяся роспись была неизвестна. В 1915 году благодаря проводившимся реставрационным работам под руководством Н. Я. Епанечникова в храме, впервые были отреставрированы эти замечательные росписи. Ферапонтовский собор Рождества Богородицы строили в самом конце ХV века. Документальных записей об его авторах не сохранилось, но по всей видимости именно ростовцам принадлежит часть постройки этого знаменитого памятника. Косвенным подтверждением тому является сходство Богородице-Рождественского собора с Успенским собором Кирилло-Белозёрского монастыря. А о нём-то уж точно известно, что возвёл его зодчий Прохор Ростовский. Впрочем, сходство с чем бы то ни было не умаляет достоинств собора Рождества Богородицы.
Первое полноценное богослужение в соборе Рождества Богородицы за последние 92 года было совершено 21 сентября 2016 года в престольный праздник Рождества Богородицы настоятелем архипастырского подворья о. Алексием. 16 июня 2018 года с предстоятельским визитом Ферапонтов монастырь посетил Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, высказавший пожелание возродить полноценную монашескую жизнь в стенах обители. Митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий, общаясь со СМИ, сообщил, что ничего точно о возрождении обители сказать пока нельзя, но если даже здесь будет открыт действующий монастырь, то это никак не будет препятствовать нахождению там же Музея фресок Дионисия. 15 октября 2018 года Священный Синод постановил открыть в селе Ферапонтово монастырь. Напоследок, стоит сказать, что Ферапонтов монастырь является памятником истории и культуры федерального значения, а также единственным на территории Вологодской области памятником Всемирного наследия ЮНЕСКО с 2000 года.
