В XVI — XVII веках на берегу реки Шексны стояло село Рождественское. Рядом с переправой возвели деревянный храм святого Николая со вторым приделом Святой Троицы. Когда деревянный храм обветшал, его разобрали, на этом месте начали строительство каменной церкви на средства прихожан и местного помещика Николая Диомидовича Панфилова. В 1789 году он был освящен в честь Рождества Христова.
Одноглавый белоснежный храм с трапезной и колокольней, увенчанной шпилем, построен в классическом стиле. Он похож на корабль у берега Шексны. В старину вокруг церкви было большое кладбище. С XVIII века на погосте церкви по приказу Екатерины II хоронили жителей Череповца. После революции земли церкви были национализированы. В 1919 году конфисковано имущество из драгоценных металлов. В 1930 году собрания принимали резолюции, «Горсовету обратить особое внимание на закрытие всех церквей, особенно в Рождестве» 14 апреля 1931 года храм был закрыт. Разобрали ограду, сломали два яруса колокольни. Стесали с фасадов декор, с кладбища «на нужды индустриализации» изъяли чугунные кресты. В советское время здание служило столовой, клубом, автошколой, гаражом, лесоторговой базой, складом. В 1989 году случился пожар. К началу 1990-х годов храм представлял собой обгоревшую руину.
Проект воссоздания храма был выполнен на основании историко-архивных материалов и сохранившихся фотографий, которые были предоставлены Череповецким музеем. Средства на восстановление собирали всем миром. Работы начались в 1992 году. Под алтарем в крипте устроили второй престол Успения Пресвятой Богородицы, в котором находится большой мраморный баптистерий. Купола покрыли красной медью, приобретенной на средства мэрии. 22 сентября 1995 года возвели купол колокольни. 22 июля 1996 года подняли кресты. Самый большой колокол для храма отлит в 1995 года в Воронеже. Иконостас храма выполнен мастерами Троице-Сергиевой лавры по классической схеме. Освящение храма состоялось 18 июля 1997 года.
