В последней четверти XVIII века Екатерина II подписывает указ о запрещении хоронить покойных у городских приходских храмов. В Вологде были выделены три участка под размещение городских кладбищ. В заречной части города первоначально погост был устроен при Антипьевской церкви. По причине близкого нахождения церкви Антипы к городским кварталам, в начале XIX века было решено перенести кладбище на новое место.
В 1818 году на новом кладбище на средства купцов Витушешниковых строится летняя Введенская кладбищенская церковь. А в 1854 году рядом с ней возводится в камне небольшая однокупольная теплая церковь во имя Николая Чудотворца. В краеведческой литературе Никольский храм также именуется Введенским теплым.
Постройка храма в стиле классицизма с боковыми притворами осуществлялась на средства вологодского купца, известного благотворителя, городского головы Николая Скулябина. На Введенском кладбище существовала усыпальница рода Скулябиных. Здесь похоронен и сам Николай Иванович Скулябин. Около Никольской церкви сохранились могилы представителей известных вологодских фамилий. В том числе видного российского мецената, общественного деятеля, основателя Общества содействия успехам опытных наук и их практических применений Христофора Семёновича Леденцова.
С середины 1930-х годов в теплом Введенском, Никольском, храме одновременно существовала обновленческая община и группа григорианцев, представители григорианского раскола.
В 1936 году холодная Введенская церковь была закрыта, в 1937 году снесена.
Теплый Введенский Никольский храм закрыт в марте 1938 года. В послевоенное время утрачено завершение храма и южный притвор. До настоящего времени на Введенском кладбище сохранились остатки бывшего церковного строения.
