Александро-Куштский монастырь был основан около 1420 года монахом Спасо-Каменного монастыря Александром на берегу реки Кушты недалеко от Кубенского озера.
Александр построил церковь Успения Пресвятой Богородицы. Деятельную поддержку новооснованной обители оказал владевший Заозерской вотчиной близ Кубенского оз. кн. Димитрий Васильевич, дав жалованные грамоты на несколько деревень, а также некий боярин Василий, пожертвовавший дер. Колябино. Княгиня Мария и после смерти князя передавала новому храму иконы и напрестольное Евангелие, продолжила благотворительствовать монастырю.
9 июня 1439 года в возрасте 68 лет преподобный Александр тихо преставился и был погребен в основанной им обители. Через год над его могилой выросло деревце рябины. Каждый праздник Успения Пресвятой Богородицы к монастырю стекалось множество богомольцев. Один мальчик, по имени Матфей, ради забавы отломал ветку от рябины и рука его тотчас распухла. Когда родители поняли причину его внезапной болезни, они немедленно привели мальчика к могиле преподобного, и по их молитве к святому ребенок тут же получил исцеление. С тех пор многие по вере получали облегчения от своих недугов, собирая целебные ягоды.
Мощи Александра Куштского покоились под спудом в приделе его имени, над ним медная рака. В древнем рукописном житии преподобного Александра содержится запись многочисленных чудес, совершившихся при его гробе. Особенно прославился святой Александр чудесной помощью больным, одержимым различными душевными болезнями. В построенном по завещанию игумена храме многие видели преподобного Александра вместе со святителем Николаем молящимися и кадящими храм. Служба святому составлена около 1575 года.
В 1519 году монастырь весь выгорел но затем вновь был отстроен с двумя церквами Успенской и Николая Чудотворца. Монастырь в 1764 году был упразднен, а в 1833 году восстановлен и тогда же приписан к Спасо-Каменному монастырю.
К началу XX века в монастыре было 2 храма, деревянный в честь Успения Пресвятой Богородицы и двухэтажный, верхний во имя преподобного Александра Куштского, нижний во имя святителя Николая Чудотворца, где у левого клироса под спудом покоились мощи преподобного Александра Куштского.
Успенская церковь была построена вскоре после пожара 1519 года. Деревянная шатровая церковь Успения Пресвятой Богородицы одна из старейших в России. Крестчатый сруб храма завершен восьмериком под шатром с главкой, с запада окружен галереей на консолях. Рукава креста завершены кровлей бочкой. Перевезена в Спасо-Прилуцкий монастырь в 1960-х годах. Для богослужений не используется.
Сохранился праздничный резной золоченый иконостас из Успенского храма с иконами вологодских мастеров XVI-XVIII веков, находящийся в Вологодском областном краеведческом музее.
