Изначально Спасо-Преображенская церковь была деревянной. Точно известно что в 1618 году уже существовала. Перестроена в каменную была около 1670 года, по другим источникам 1687 году.
По данным окладных книг в конце XVII века, в приходе церкви Андрея Первозванного числилось 125 дворов, а церковной дани взималось гораздо больше других церквей города Вологды. В её причте состояло два священника. Из окладной книги церковной известно, что от храма святого апостола Андрея Первозванного в селе Фрязиново с десятины взималось 3 рубля с полтиною, что существенно превышало оклады других храмов.
Приход церкви Андрея Первозванного составляли само бывшее село Фрязиново, входившее в городскую черту, и близлежащие деревни: Тепенькино, Хорхорино, Дьяконово. Поэтому в какой-то мере церковь являлась уникальной, была одновременно городской и сельской, соединяла в приходской жизни городской и сельский уклады.
Православные традиции в приходе были довольно сильные. В ежегодно составляемых исповедных ведомостях священники отмечали отсутствие иноверцев или раскольников. В 1733 году духовная консистория ведет дознание крестьян окрестных сел Дьяконово и Хорхорино, уличенных в приверженности к расколу, за то, что крестились двумя перстами и спорили со священником о слове Божьем. А в исповедальных ведомостях за 1810 год отмечалось наличие шести человек, «не исповедовавшихся из-за расколу». В исповедальных ведомостях мы находим сведения о посещении церкви крестьянами деревень Баранково, Доронино, Погари. В 1791 году в приходе проживало, духовного сословия — 26 человек, приказных, то есть чиновников гражданского ведомства, с семьями 27 человек, из них только одна семья принадлежала к дворянскому сословию.
В 1922 году все драгоценные украшения были изъяты в фонд советской власти. Было изъято 62 серебряных культовых предмета общим весом свыше двух пудов, жемчуга и драгоценных камней свыше 1 фунта. Сброшено в январе 1930 года колокольной меди весом свыше 218 пудов, 13 колоколов.
Президиум Вологодского окружкома от 31 января 1930 года постановил: расторгнуть договоры с восемью церквами, в том числе и с церковью Андрея Первозванного, «вследствие нарушения этими религиозными общинами и передачи церквей для нужд государства, учитывая острый кризис в помещениях города Вологды». В частном определении главнауки было записано, «Андрея Первозванного церковь – сохранению подлежит лишь общий архитектурный вид. Внутренне убранство, в общем, значения не имеет. Отдельные предметы передать музею» В результате чего храм был приспособлен под пересыльный пункт для перемещенных лиц. На столбах, стенах, откосах окон и арок верхнего храма до ремонта можно было видеть подписи жертв репрессий, датированные 1930-1932 годами, молитвы, детские рисунки.
С февраля 1930 года богослужения в церкви больше не проводились, последнего настоятеля храма отца Николая Замараева перевели на Богородское кладбище, где в 1937 году он был арестован и погиб в тюрьме
В послевоенное время в храме размещались склады Вологодской нефтебазы. Никаких ремонтных работ в храме за советский период не производилось. Долгое время здание церкви было практически лишено кровли, ливневые воды и снег беспрепятственно падали на кирпичную кладку сводов и разрушали их. В результате систематических протечек и солеобразований роспись верхней части храма была сильно повреждена. У всех сохранившихся лиц, изображенных в верхнем храме, были выколоты глаза. Живопись нижнего храма, состоявшая из отдельных клейм, не сохранилась.
В 1990 году возвращена церкви, службы проводятся в нижнем храме, где освящены Андреевский и Гурие-Самоно-Авивовский престолы.
