Долом наши предки называли низкий берег, затапливаемый при разливе реки, а Богородский храм стоит как раз в низине на берегу Вологды. «Нижний», потому что был еще и Верхний Дол, выше по течению, и на нем тоже стояла церковь Рождества Богородицы. Строительство деревянного храма Рождества Богородицы на Нижнем долу историки относят к концу XVI – началу XVII века. Стараниями прихожан возведена каменная церковь, её главный престол во имя Рождества Пресвятой Богородицы освящен в 1779 году. Здесь были также престолы во имя Святителя Николая Чудотворца и преподобного Григория Пельшемского, Вологодского чудотворца.
Верхнедольский храм разрушили в советское время, а нижнедольский оставили, хотя и намеревались уничтожить. Как сказали бы сейчас, большевики включили мозги, специалисты определили, что в заливаемой половодьем низине строить что-либо нецелесообразно, но и терять крепкую постройку рядом с рекой, которая в те времена еще была вполне себе транспортной артерией, целесообразно еще меньше. В храме размещались зеркальное производство, материально-техническая база управления по транспортному освоению рек, ремонтно-механическая мастерская хлебопекарной промышленности. Когда последняя мастерская выехала из Нижнедольского храма, его признали объектом культурного наследия регионального значения. Краеведы полагали, что здесь вполне можно возобновить богослужения. Однако год за годом интереса к храму никто не проявлял. После пожара в 2008 году, когда церковь лишилась крыши, надежды на её возрождение уже вряд ли у кого были.
Первый указ владыки Игнатия Депутатова об учреждении новых приходов в Вологде был издан 10 июня 2014 года, на четвертый день после прибытия на кафедру, куда его назначил Священный Синод. Были образованы приходы семи храмов города, и нижнедольский был, пожалуй, самым разрушенным.
