Церковь Преподобного Алексия Человека Божия построена одновременно со Святыми воротами Успенского монастыря, между 1709 и 1714 годами, освящена в 1720 году. Чтобы завершить ее постройку, игуменья с монахинями вынуждены были «на Москве и в городах ходить и собирать по верующим кто что подаст». Церковь Алексия каменная, холодная, одноэтажная, одноглавая, однопрестольная. Известно, что первоначально предполагалось освятить в церкви два престола, первый во имя Святителя Николая Чудотворца, второй во имя Алексия, человека Божия. Монастырская надвратная церковь имела под собой два прохода, боковую дверь и прежние Святые ворота. Нижний этаж, включенный прежде в ограду монастыря, служил своего рода подклетом храма. На простой, из гладких стен, первый этаж был поставлен второй ярус, богато украшенный полуколоннами, наличниками с барочными фронтонами. Верхний этаж занимал сам храм с четырьмя окнами на фасаде, которые придавали зданию типично жилой характер. Церковь венчал купол в классическом стиле. В храме находился древний образ Нерукотворного Спаса с изображением многих святых. Двухъярусный иконостас, созданный одновременно с церковью, был украшен золотой резьбой по голубому фону.
В настоящее время Алексеевская надвратная церковь находится в полуразрушенном состоянии. После утраты главы церковь не имеет никаких внешних признаков культового здания и напоминает обычную жилую постройку.
