Село Красное впервые упоминается в источниках в 1569 году, им тогда владел стольник И.Д.Воронцов, потомок мурзы Чета, основавшего по легенде Ипатьевский монастырь в Костроме. Костромской уезд был включен в опричные территории, и из Красного выселили всех вотчинников, включая Воронцова. Красное стало дворцовым селом, управляющимся Приказом Большого дворца, а спустя несколько лет перешло к семье Годуновых.
Борис Годунов в 1592 году, согласно клировым ведомостям, возвел здесь каменную шатровую церковь Богоявления. Приделы церкви и двухъярусная галерея современны храму, возведение колокольни относят к XVII веку, а строительство западного притвора к XVIII веку. Храм не раз перестраивался, и к концу XIX века от его первоначального облика остался лишь шатер.
Церковь закрыли лишь в 1932 году, после чего в ней в разное время располагались библиотека, склад, клуб и зернохранилище. Как следствие, сильно пострадало внутреннее убранство. В 1950-1960 годах И.Ш. Шевелев проводил здесь ремонтно-реставрационные работы, благодаря чему удалось восстановить облик храма на конец XVII века. Еще одна реставрация проводилась в 1990-е годы, церковь была расписана в соответствии с традициями православной живописи XVI-XVII веков, и, кроме того, нижний ярус галереи был заложен кирпичом, а верхний застеклен.
В 1990 году церковь вернули Костромской и Галичской епархии, но реставрационные работы, которые были начаты в 1950 году, продолжались. 6 августа 2009 года, когда храм полностью отреставрировали, состоялось великое освящение. Освящение и Божественную литургию в сослужении духовенства города Костромы и Красносельского благочиния совершил архиепископ Костромской и Галичский Александр. Сейчас настоятелем храма является благочинный Красносельского благочиния протоиерей Григорий Ковальский.
В конце XIX века рядом с церковью Богоявления на народные деньги построили Церковь Святых Апостолов Петра и Павла. Этот ансамбль обнесли оградой, а перед ней стоял памятник императору Александру II. Внутри ограды было кладбище. Во времена гонений на церковь памятник Александру II разрушили, церковь взорвали, кладбище разорили.
