В 1834 году при посещении Ипатьевского монастыря император Николай I распорядился вернуть архиерейскому корпусу «древний вид», а на месте прежних Святых ворот сделать новые с надвратной церковью во имя святых Хрисанфа и Дарии. «Костромские епархиальные ведомости» так повествовали об идее создания нового храма, «Памятуя две годины искушения России, равно тяжкие для неё 1612 и 1812 годы, и в сих двух отдаленных одна от другой эпохах 19-е число марта как знаменательный день спасения России от бед, именно, в 1613 году изшествия царя Михаила Феодоровича из Ипатьевского монастыря к царствующему граду на спасении и умиротворение расстроенной и гибнушей России, а в 1814 году вступление государя императора Александра Благословенного в столицу Франции для спасения и умиротворения целой Европы, потрясенной властолюбием Наполеона, государь император повелел устроить в Ипатьевском монастыре храм в честь святых мучеников Хрисанфа и Дарии, память которых Святая Церковь празднует 19 марта. При сем признано приличным на стенах всего храма в особых картинах или под образами святых Михаила Милена и Александра Невского изобразить, с одной стороны, шествие царя Михаила Феодоровича из обители, с другой вшествие в Париж Александра I. Здесь видимы были заря и рассвет того дня, лучами коего не престанем мы пользоваться». Для строительства храма была отпущена крупная сумма денег. В 1836 году разобрали портик восточного фасада архиереской резиденции и остатки древних Святых ворот; на месте последних по чертежам губернского архитектора Утина заложили новые, с надвратной церковью. Несмотря на активное участие в строительных и реставрационных работах губернских архитекторов, главным создателем монастырского ансамбля XIX века, в том числе церкви во имя святых Хрисанфа и Дарии, следует считать профессора архитектуры Императорской Академии художеств, строителя соборного Храма Христа Спасителя в Москве К.А. Тона. 25 июня 1840 года, в день рождения императора Николая I, в Ипатьевском монастыре на месте, диаметрально противоположном тому, где в память исшествия царя Михаила Феодоровича в 1613 году 19 марта в Москву была устроена Зеленая башня, заложили храм во имя святых мучеников Хрисанфа и Дарии. Фасад храма соответствовал фасаду башни, над квадратом каменной кладки конус, венчаемый крестом. Башня была устроен на западной стороне монастыря, а храм на восточной. Строительные работы шли быстро. Летом 1841 года вывели церковные своды, но 2 августа при снятии опалубки они обрушились. Причинами обрушения стало то, что церковь строилась слишком поспешно при самой неблагоприятной для каменной кладки дождливой погоде, а под конец сентября с заморозками. После долгого разбирательства причин обрушения были сделаны новые фундаменты, и в 1852 году по проекту другого губернского архитектора Н.П. Григорьева заложили новую церковь. Строительство на сей раз окончились благополучно — при работе учитывали прежний неудачный опыт. В 1859 году храм во имя святых мучеников Хрисанфа и Дарии был освящен епископом Костромским и Галичским Платоном известным церковным ученым и духовным писателем, управлявшим Костромской епархией в 1857-1877 годах.
4 ноября 2005 года архиепископ Костромской и Галичский Александр освятил крест на главу храма во имя святых мучеников Хрисанфа и Дарии, установленный над церковью 15 ноября. 6 апреля 2008 года чин великого освящения и Божественная литургия, совершенные архиепископом Костромским и Галичским Александром с сослужившими архипастырю клириками городских храмов и насельниками обители в священном сане, достойно увенчали подвиг веры и молитвы нервнодушных, горячих сердцем подвижников благочестия нашего времени.
