Церковь в честь иконы Божией Матери «Всецарица» была перестроена из часовни при бывшей Романовской больницы Костромской Феодоровской общины сестёр милосердия, созданной Костромским отделением Российского общества Красного Креста в 1912-1913 годах. Феодоровская община сестёр милосердия в Костроме возникла в 1900 году, в 1903 году для неё на улице Нижняя Дебря, был возведён каменный двухэтажный дом. В преддверии 300-летнего юбилея дома Романовых к зданию общины была пристроена больница, в настоящее время занимаемая онкологическим диспансером. 20 мая 1913 года больницу посетили Император Николай Второй и Великие княжны Ольга, Татиана, Мария и Анастасия. В связи с перестройкой здания онкологического диспансера было принято решение переоборудовать часовню, имевшуюся при больнице, закрытую в 1919 году и в последние годы занимавшуюся ритуальным помещением, в церковь.
