В 1530 году по настоянию великого князя московского Василия III Иоанновича преподобный Корнилий вернулся в Комельский монастырь, благословив преподобного Геннадия возглавить собравшуюся братию и построить храм. Вскоре, вероятно на средства великого князя Василия был построен деревянный летний храм в честь Преображения Господня. Кирпичный двустолпный пятикупольный трёхапсидный храм был построен игуменом Филаретом в 1644-1647 годах, в южной апсиде помещался Благовещенский придел. В 1805 году сооружена трапезная с приделами во имя Корнилия Комельского и Геннадия Любимоградского, в 1846 году пристроен южный Сергиевский придел. Закрыт в 1928 году, в 1960-х годах трапезная и приделы разрушены. Находился в аварийном состоянии, в настоящее время реставрируется.
