Впервые церковь была сооружена в Москве на средства генерал-лейтенанта М.А. Духонина с супругой и купца Каверина в память об императоре Александре III. В 1895 году перевезена в г. Орел.
Поставлена и была освящена во имя Воскресения Христова деревянная церковь на Афанасьевском кладбище, основанном в 1887 году как кладбище Введенского женского монастыря. Кладбище стало называться Афанасьевским по одноименному погосту, на котором первоначально в конце XVII века возник Введенский женский монастырь. В народе это название закрепилось и за церковью. В 1897 году кладбище было обнесено каменной оградой, а над входом сооружена звонница, снесенная в 30-е годы XX века. Церковь была деревянная на каменном фундаменте.
Это был единственный храм в Орле, который на протяжении всего времени продолжал оставаться церковным зданием и принадлежал общине верующих. Служба в церкви проводилась с незначительными перерывами до 1996 года. Деревянный храм сгорел полностью в ночь с 5 на 6 октября 1996г. Современное каменное здание церкви построено позже. В сентябре 2001 года архиепископом Орловским и Ливенским Паисием освящен новый каменный храм, построенный на этом же месте по проекту архитектора М.Б. Скоробогатова.
