В начале XVII века в монастыре была возведена каменная двухэтажная пятиглавая теплая трапезная церковь в честь Богоявления Господня, однако время её постройки достоверно не известно, в клировых ведомостях отчёта за 1905 год указан 1615-й год. В ней был придел Рождества Пресвятой Богородицы. Его стенопись и иконостасы были выполнены в 1849 году.
В 1699 году все деревянные монастырские строения сгорели при пожаре. В начале XVIII века по благословению митрополита Ростовского Иоасафа Лазаревича, а затем митрополита Ростовского Димитрия Туптало на месте сгоревших храмов были выстроены новые.
В 1918 году монастырь был официально закрыт советской властью, но монашеская община продолжала существовать. Около 1928 года монастырь окончательно закрыли, братия была репрессирована. После этого в монастыре размещался совхоз.
В 1990-е годы то, что осталось от монастыря, было возвращено Церкви. К 2000 году сохранились полуразрушенные Успенский храм, колокольня, трапезный и настоятельский корпуса и конюшня. Монастырь был единственным сохранившимся на территории Пошехонского района памятником архитектуры XVIII—XIX веков.
В соответствии с определением Священного Синода от 7 марта 2000 года монастырь был открыт, но как женский. Богослужение совершалось в сенях Богоявленского храма. Осенью 2006 года решением Священного Синода монастырь стал опять мужским.
