История церкви связана со становлением села Петропавловского рядом с Шуей. Начало села связано с трагическим для жителей уезда 1831 годом, когда эпидемия холеры унесла жизни многих шуян. Городские кладбища тогда не смогли вместить всех умерших. Было принято решение организовать отдельное захоронение в малонаселенной на то время окраине города — урочище Рыково. В память умерших от холеры жителями Шуи был учрежден крестный ход с добровольным недельным постом с 28 июля. Крестный ход включал обход центральной части города, шествие к месту захоронения и торжественную панихиду на самом кладбище с выносом из храмов почитаемых икон. Место погребения было обнесено земляной насыпью. Над телами умерших в 1847 году городским головою И.Д. Киселевым поставлен памятник из белого камня с надписью на медной доске “на сем месте погребены жители г. Шуи от губительной болезни холеры в 1831 году скончавшиеся”. Пустынное прежде урочище с кладбищем во второй половине XIX века стало активно заселяться. Одна из причин заселения урочища заключалась в том, что владелец земли, купец Г.В. Болотов не нуждался в земле и начал сдавать ее в аренду. Жители ближайших деревень охотно переезжали и строились на свободной земле близ фабричной Шуи, где были возможности для заработка. Селение разрасталось и возникла необходимость строительства собственной церкви. На месте холерного захоронения в 1868 году с благословения преосвященного Антония построена и освящена часовня. Позднее часовня была обращена в церковь. Строительство часовни и самой церкви выполнялось на средства шуйского купца Г.В.Болотова, а также потомственной почетной гражданки Шуи М.И.Щеколдиной. Вскоре после строительства церкви урочище Рыково стало селом Петропавловским, по названию церкви. До 1876 года церковь была приписана к Воскресенскому собору. В 1876 году были найдены средства на содержание отдельного причта, церковь стала приходской. Видимо, первая церковь оказалась недостаточно вместимой и удачной в архитектурном отношении, так как уже в 90-е годы XIX века встал вопрос о ее перестройке, “по-ветхости и тесноте”. Силами церковного старосты, инициативного шуянина Е.А. Гусева организационные вопросы строительства нового храма были решены положительно и оперативно. Вместо старой обветшавшей церкви на кладбище была построена новая. Для строительства был выбран и выкуплен новый возвышенный и открытый участок, найдены меценаты, проведены строительные работы в 1891-1893 годах. Церковь построена “усердием шуйских граждан”, освящена преосвященным архиепископом Сергием, колокольня построена в 1896 году. Автор проекта храма, владимирский епархиальный архитектор Н.Д.Корицкий. В архитектурном отношении Петропавловская церковь, “небольшой приходской храм в русском стиле, укрупненные формы фасадного декора сохраняют связь с традициями тоновской архитектуры. К кубообразному основному четверику, завершенному восьмигранной изогнутой кровлей с заострением в центре, примыкают пониженные объемы прямоугольного алтаря с выступающей трехгранной апсидой и неширокого вытянутого западного притвора. Фасады четверика имеют симметричную трехчастную композицию. Углы закреплены широкими лопатками с вертикальным рядом ширинок. Центральная часть фасада акцентирована слабой раскреповкой, ограниченной узкими вертикальными тягами, и щипцовым изломом широкого венчающего карниза, украшенного поясками разнообразных зубчиков и зигзагообразного узора. В боковых пряслах над крупными арочными окнами с килевидными архивольтами, опирающимися на полуколонки, помещены высоко поднятые треугольные сандрики; в центре над порталами входа, им соответствует сдвоенное ложное окно со щипцовым верхом. Декор алтарной части и притвора составляют аналогичные обрамления арочных проемов, широкие карнизы с зубчиками, угловые лопатки с ширинками”. Внутри церкви был “красивый” чугунный пол, духовая печь. В иконостасе “с резьбою по дереву” размещались 20 икон, писанных по золотому чеканному фону. Вес большого колокола составлял 160 пуд. Передача храма церкви произошла 30 января 1996 года. Первая служба проведена 11 апреля 1996 года. В 2002 году восстановлен иконостас. С 2003 года в храме находятся мощи Святого мученика Авксентия. Сейчас храм активно восстанавливается, построена новая ограда, установлен купол, выполнен ремонт, предполагается восстановление колокольни.
