За счет торговых сборов Макарьевский монастырь был отстроен, в нем появились новые каменные постройки и за короткий срок на берегу Волги появился живописный монастырский ансамбль. Автором большинства строений был московский мастер каменных дел Максим Апсин.
Были возведены:
Храм Успения Пресвятой Богородицы с трапезной и колокольней, построен в 1654 году. Храм поднят на высокий подклет, в котором были устроены кладовые для купцов, приезжающих на ярмарку.
Троицкий собор с приделами преподобного Макария и преподобного Михаила Малеина был создан в 1664 году по образцу Московского Успенского собора.
Надвратная церковь во имя Архистратига Михаила над святыми воротами возведена в 1670 году.
Деревянная часовня с образом преподобного Макария, привезенным из Унжеской обители. Позже в 1809 году на месте часовни был сооружен каменный храм Макария Желтоводского.
Келейный храм во имя преподобного Антония Великого.
Храм во имя преподобного Григория Пельшемского, 1786 год.
В 1662-1667 годы была построена крепостная стена с девятью башнями. Каменные стены сооружены в виде почти правильного квадрата, размеры которого 200 на 200 м. Их высота достигает 8 м, ширина 2,5.
В 1829 году разрушилась северо-западная угловая башня, в 1859 году, центральный купол Троицкого собора. Из-за угрозы разрушения в 1868 году Макарьевский монастырь был упразднен.
