Храм во имя преподобного Макария Желтоводского выстроен к северу от Троицкого собора, на том месте, где прежде находился придел соборного храма, освящённый во имя прп. Макария. Храм возводился в 1808-1809-х годах, на излёте длительного процветания монастыря. Тогда ещё мало кто мог подумать о том, что пройдёт меньше десяти лет и с переносом ярмарки из Макарьева в Нижний Новгород обитель начнёт приходить в упадок.
Макарьевский храм строился в расчёте на прочное и благоустроенное будущее. Решённый в «столичном», классицистическом ключе, он не лишён даже некоторой «щеголеватости». Особенного внимания заслуживает в этом отношении колоннада тосканского ордера, соединяющая Макарьевскую церковь с Троицким собором. Фасады церкви с западной и северной сторон украшены четырёхколонными портиками, основной объём завершён широким барабаном, перекрытым мощным куполом. Храм был закрыт представителями новой власти в конце 20-х годов, сразу после закрытия самого монастыря в 1927 году. С августа 1943 года по 23 ноября 1988 года помещение церкви арендовал Лысковский зооветеринарный техникум.
Лишь в 1992 году церковное здание, как и все остальные храмы обители, были переданы Русской Православной Церкви. Реставрацией и воссозданием росписей в 2005-2006 годах занимался владимирский художник, иконописец Владимир Иванович Некрасов. В начале августа 2008 года Макарьев Желтоводский женский монастырь посещал Президент Российской Федерации Дмитрий Медведев. В ходе визита Дмитрий Медведев совершил экскурсию по монастырю, побывал в Макрьевском храме и Троицком соборе, приложился к мощам прп. Макария Желтоводского и Унженского.
