Церковь Архангела Михаила над Святыми вратами была выстроена около 1670 года. Строительство храма источники приписывают крепостному сначала Шеретевых, потом Одоевских, а позднее Черкасских, Павлу Сидоровичу Потехину, автору таких шедевров архитектуры, как церковь Михаила Архангела в Архангельском, церковь Николая Чудотворца в Никольском-Урюпине, церковь Троицы Живоначальной в Останкино и др. Стоит сказать, что все эти храмы, также как и Михаилоархангельская церковь, строились по собственному проекту зодчего. Очевидно, что в конце ХVII века она имела несколько иной вид, чем в наши дни. Это хорошо заметно на иконе прп. Макария, писанной знаменитым изографом Симоном Ушаковым в 1661 году. Здесь надвратная церковь изображена «об одной главе», с рядами кокошников, сужающимися от верхней границы стен к барабану купола. Впоследствии кокошники закрыли кровлей, а по углам устроили ещё четыре небольшие главы. Эти изменения отражены уже в изображении монастыря, сделанном А. Г. Ухтомским в 1816 году.
Именно таким, пятиглавым, предстаёт надвратный храм Макарьево-Желтоводской обители перед нынешними её посетителями. Внутри надвратная церковь очень светла и убрана довольно скромно. Стены побелены. Белизной и позолотой сияет маленький иконостас. Именно в этом храме, находится, кстати, образ прп. Макария работы Симона Ушакова. Он помещён в особом киоте. В советские годы эта красавица-церковь была близка к полному разрушению. В те годы на монастырской территории размещались учреждения, в задачи которых не входило поддержание исторических зданий в надлежащем виде. Надвратная церковь и некоторые башни не обвалились в эти годы только чудом. Надо полагать, лишь благодаря тому, что незадолго до революции в возобновлённом монастыре совершались реставрационные работы, благодаря которым церковные строения и стены могли ещё так долго как-то просуществовать.
В 1948 году случился особенно сильный паводок, повредивший каменный откос, устроенный в 1880-1890 годы. Стало понятно, что необходимо срочно принимать меры, иначе в скором времени можно лишиться ценнейшего памятника архитектуры и истории. Именно тогда были предприняты восстановительные работы. Однако в полной мере осуществить реставрацию стен и храмов обители не удавалось как из-за недостачного финансирования, так и из-за того, что в конце 1960-х годов началось строительство Чебоксарской ГЭС.
Надвратная церковь Михаила Архангела была частично отреставрирована в 1959 году. Была выполнена реставрация кирпичной кладки стен, карнизов, аркатурных поясов барабанов, сводов; настлано металлическое покрытие апсиды, переходной галереи и свода основного объёма, которые были полностью уничтожены в результате пожара 1945 года. Окончательная реставрация церкви была выполнена в 1980-е годы. Ну а полная масштабная реставрация монастырских зданий и крепостных укреплений началась только с момента передачи Троицкого Макариев Желтоводского монастыря Церкви.