Церковь в честь Святителя Николая Чудотворца является самым древним сооружением из камня в городе Балахна, а если не считать Нижегородский Кремль, то и во всей Нижегородской области. Церковь известна тем, что рядом с ней была первая остановка Нижегородского ополчения под руководством Минина и Пожарского. Кроме того, по преданию, в ней крестили Козьму Минина.
Церковь в честь Святителя Николая Чудотворца была возведена в 1552 году, в честь взятия Казани русскими войсками и строительство началось по приказу Иоанна VI Грозного. Церковь в честь Николая Чудотворца, уникальное сооружение и до настоящего момента в России сохранилось девять каменнных шатровых церквей, две из которых принадлежат Нижегородской епархии. Это Церковь в честь Святителя Николая Чудотворца в городе Балахна и собор Михаила Архангела в Нижегородском Кремле.
Никольскую церковь закрыли в 1917 году, и до этого момента в ней находилась знаменитая чудотворная Богородничная икона. С советское время в здании располагались цеха молокозавода, чуть позднее, жилые помещения. В 2008 году в восстановленной церкви возобновились богослужения.