Знаменская каменная церковь находится недалеко от варниц, на Большой улице, ведущей от крепости к Ярославскому выезду. В этой церкви соединены две, Пятницкая и Воздвиженская. Первая, существовавшая в начале XVII века и находившаяся на берегу Волги, была холодная деревянная. В описи 1674 года говорится, что она «ветха, у той церкви олтарь подмыло Волгою, что по челобитью той церкви попа Федора и прихожан под ту церковь дано иное место». Церковь была украшена довольно богато. При ней была церковь теплая деревянная Тихона чудотворца, колокольни не было, а на часовне висел один колокол.
В половине XVII века казначей патриарха Никона Тихон Обанин, родом из Балахны, построил новую теплую церковь во имя Знамения Богородицы с приделом св. Тихона и колокольню с 4 колоколами. Перенесенная на другое место церковь Знаменская сгорела 13 февраля 1745 года. После этого богатый солепромышленник и поставщик казенных вещей в Санкт-Петербурге балахнинский купец Петр Семенович Латухин купил место для церкви и построил в 1748 году каменный храм во имя Знамения Богородицы с приделом Параскевы Пятницы, по храмозданной грамоте Владимирского архиепископа Антония. К этой-то церкви, по причине уменьшения народонаселения, была приписана в 1795 году церковь Воздвиженская, рядом с ней находящаяся. Она прежде была на берегу Нетечи, деревянная, с приделом Казанской иконы Божией Матери и с колокольнею. В половине XVII веуа построена новая деревянная о пяти главах, старая же Казанская церковь осталась теплою и так как она была ветха, то построена была еще теплая церковь мученика Артемия.
В начале XVIII века на месте этих трех храмов построена каменная Воздвиженская церковь с приделом во имя Божией Матери в честь иконы ее Казанской. В 1748 году при Знаменской церкви было 26, а при Воздвиженской 29 дворов. Теперь при этих соединенных церквах штат один, прихожан 208 душ мужского пола и 261 женского. В эту церковь бывает крестный ход из собора 8 июля.
8 августа 2013 года здание было передано Русской Православной Церкви, а уже 19 августа состоялась первая Божественная литургия, совершенная настоятелем протоиереем Николаем Хазовым. С этого времени богослужения и требы совершаются в храме регулярно. Восстановительные работы и освящение храма относятся к 2014 году. С апреля по декабрь иконописцы епархиальной мастерской проводили внутреннюю роспись. В сентябре были установлены подкупольный барабан и купол, а 4 октября крест. 25 декабря состоялся чин Великого освящения, который возглавил митрополит Нижегородский и Арзамасский Георгий.
