Деревня Михайловская при речке Суери основана переселенцами из центральных губерний России в 1848 г. После постройки собственной церкви и образования прихода деревня стала именоваться селом Михайловским, в котором ежегодно проводились Никольские торжки (9 мая и 6 декабря).
Со времени основания д. Михайловская входила в состав прихода Знаменской церкви с. Мостовского. В 1859 года был открыт самостоятельный Михайловский приход, в который вошли, кроме самого села, деревни: Крошина, Песьяная (Мало-Песьяна), Худорыбья, Троицкая (Ново-Троицкая), Першина (Ново-Першина), Сунгурова. С 1894 г. в приходе числится д. Мало-Крошина, расположенная в расстоянии полуверсты от церкви, а в начале XX в. появляется д. Кокорина. В таком составе приход существовал до начала 1930-х гг.
В 1858 г. в д. Михайловской началось строительство деревянной на каменном фундаменте однопрестольной церкови во имя Святителя и Чудотворца Николая. Строительство велось на средства местных жителей, было окончено в 1859 году. В 1861 году прихожане подрядили живописца, ишимского крестьянина из поселенцев Степана Крутова изготовить золоченый иконостас с резьбой «рококового ордера» и иконами в «греческом стиле». Освящение храма состоялось 9 мая 1865 г. К концу XIX в. эта церковь обветшала, а в 1904 г. здание было продано Речновскому сельскому обществу, иконы перенесены в новый храм. В связи с ветхостью и маловместительностью старой деревянной церкви прихожане в 1897 г. решили построить новую каменную, в память коронования императора Николая II.
В 1900 г. архитектором Николай Юшковым составлен проект нового трехпрестольного храма вместимостью около 1000 человек, после чего постройка была разрешена епархиальным начальством на средства прихожан. Подряд на кладку здания отдан крестьянину Омутинской волости Ялуторвского уезда Георгию Макарову.
Церковь была заложена 13 июля 1900 г. благочинным Курганских уездных церквей, священником Петром Буровым. К маю 1905 г. внешние и внутренние работы были завершены, на семиглавый с высокой колокольней храм установлены 9 золоченых крестов. В 1906 г. были устроены три резных золоченых иконостаса, изготовленные в г. Ишиме по проекту И.А. Хлопотова. Им же были расписаны живописью и украшены орнаментом стены и своды здания.
6 ноября 1906 г. благочинным Николаем Буровым в сослужении восьми священников было совершено освящение главного престола во имя Святителя и Чудотворца Николая. В последующие годы были освящены и боковые приделы Михайловского храма: южный во имя священномученика Харлампия (8 февраля 1914 г.) и северный во имя Святого Феодосия Черниговского. После освящения центрального престола на протяжении 10 лет строилась каменная с металлическими решетками церковная ограда, храм продолжал украшаться стенной живописью.
Николаевская церковь в с. Михайловском официально не закрывалась, перестала функционировать только с 1932 г., в здании был размещен склад «Заготзерно».
К началу 1960-х гг. здание пришло в аварийное состояние, в стенах появились трещины, церковная ограда была полностью разрушена. Но на этом история не заканчивается. Силами местных жителей храму дана вторая жизнь. Отремонтирована паперть и притвор. Каждый четверг ведется служба.
