В западной линии ограды расположена надвратная церковь Иоанна Богослова, построена в 1670 году, со Святыми воротами в нижнем ярусе, построены чуть раньше, в 1654 году, памятник реставрирован в 1963 году А.Д.Варгановым и В.М.Анисимовым. Святые ворота в нижнем ярусе представляют собой своеобразный портик с четырьмя арочными пролетами на мощных восьмигранных столбах-тумбах, двумя сводчатыми въездами и двумя входами.
Над ними, во втором этаже, охватывающая храм с трех сторон паперть с поясом ширинок и украшенными арочными бровками окнами. Пятиглавый храм с широким карнизом и тремя кокошниками на каждом фасаде по сравнению с сочной пластикой паперти несколько беден и сух. Его строитель был мастером менее умелым, чем суздальские зодчие; в его руках тройные угловые полуколонки приобрели вид простых толстых столбиков, разделенных стойками из ромбов. Но в целом он создал достаточно торжественный и красивый центр лицевой стороны ограды и парадный вход в монастырь.
Церковь очень гармонично перекликается с более поздним собором Михаила Архангела, не исключено, что собор строили с учетом облика этой красивой и изящной церкви. Тесно посаженные главы на тонких барабанах придают храму дополнительную устремленность ввысь.
