Соборный храм во имя Архангела Михаила в монастыре был разрушен в 1408 году во время очередного взятия города, на сей раз Едигеем, и вскоре снова отстроен. В 1535 году здесь значится деревянная церковь Михаила Архангела с приделом Пророка Илии, отстроенная иждивением великого князя Василия Иоанновича. В 1560 году был построен первый каменный храм, средства на его строительство пожертвовал князь Иван Михайлович Кубенский. В 1636 году храм был с трех сторон окружен папертями, а в конце XVIII века обветшавшее здание было разобрано. Строительство нового собора велось на средства жителей города; работы начались в 1792 году, а закончились в 1806 году. Еще около двух лет продолжалась внутренняя отделка храма, и в 1808 году прибывший специально из Владимира епископ Ксенофонт Троепольский освятил новый собор.
Несмотря на время постройки, храм сохраняет черты архитектуры середины XVIII века, а кое-какие, даже века XVII-го. Высокое стройное бесстолпное здание с пятью главами богато украшено рустовкой, сочетающейся с резными карнизами и фризами. В соборе хранился образ Михаила Архангела, который в 1812 году настоятель монастыря Никон дал с собой 5-му полку Владимирского ополчения. Образ прошел всю войну и в 1814 году возвратился в монастырь. В Михайло-Архангельском соборе были погребены многие настоятели монастыря, в том числе здесь находится гробница сына основателя монастыря, схимонаха князя Дмитрия Святославича, который скончался в 1269 году. В храме по сей день сохранились две старинные монастырские иконы, почитающиеся чудотворными. В советское время внутреннее убранство собора было уничтожено, в здании были размещены выставочные залы музея, находящиеся там и по сей день. Но несколько лет назад по договоренности с Владимирской епархией в храме снова стали проводиться богослужения.
В советское время монастырь был закрыт, и архимандритский корпус отдали под музей, но не сразу, а только при содействии известного архитектора и реставратора П.Д. Барановского. В остальных зданиях расположились различные учреждения, так, например, в соборе устроили мельницу. Постепенно все же музей занял весь комплекс монастыря, и в наши дни продолжает оставаться там. В его экспозициях отражена вся история Юрьевского ополья, собрано множество икон и картин, предметов искусства и быта. Можно также подняться и на колокольню, чтобы взглянуть на весь монастырь с высоты и еще раз насладиться его видами.
