В 1666 году в монастыре была построена каменная церковь во имя преподобного Никона, Радонежского чудотворца, с придельным престолом святого и чудотворца Николая. Отдельно же существовавшая деревянная Николаевская церковь была упразднена. В 1685 грду снова была построена отдельная деревянная церковь во имя Николая чудотворца и стояла до 1710 года, а в этом году, во время бывшего в Юрьеве пожара, сгорела. В том же пожаре сгорела и соборная деревянная монастырская церковь Введения Пресвятой Богородицы. От этого пожара в монастыре сохранилась только одна Никоновская церковь.
В 1725 году к Никоновской церкви был пристроен, вместо сгоревшей Введенской церкви, каменный придел в честь Введения Пресвятой Богородицы, но в 1763-1766 годах усердием игуменьи монастыря Агафии и прихожан снова была построена соборная церковь в честь Введения Богородицы, зданием каменная, пятиглавая. С построением ее в Никоновской церкви Введенский престол был переименован в Николаевский престол.
