У восточной алтарной стены Благовещенского собора в 1656 году на средства боярина Ивана Андреевича Милославского была построена каменная церковь в честь Всемилостивого Спаса. Об этом свидетельствовала надпись, высеченная вязью на белокаменной плите в южной стене храма, которая гласила, что церковь сию боярин Милославский строил «своею казною надъ родителями своими и по своей душъ въчный поминокъ».
После Октябрьской революции 1917 года храм Всемилостивого Спаса разделил судьбу Благовещенского собора. С 1918 год по 1923 год его арендовала община верующих Благовещенского собора. Весной 1922 года, когда под предлогом помощи голодающим Поволжья изымались церковные ценности, в усыпальнице бояр Милославских в поисках драгоценностей были вскрыты две гробницы XVII века. Однако кроме человеческих останков и кипарисовых икон в них ничего не оказалось, и гробницы закрыли. В 1923 году Спасский храм был передан в ведение Киржачского церковно-бытового музея, а в 1924 году поставлен на учет в Музейном отделе Главнауки Наркомпроса РСФСР как памятник истории и архитектуры. С 1924 года в подклети Спасского храма размещалась «бытовая» часть музейной экспозиции, картины, мебель, оружие, одежда, головные уборы, карета и другие вещи, вывезенные из усадеб киржачских помещиков, в частности, князя И.Н. Вадбольского и графа Салтыкова. Там же выставлялись святцы, замки, глиняная и деревянная посуда, швейки, монеты и пр. Музей испытывал острейшую нехватку средств и не мог обеспечить его сохранность. Как и Благовещенский собор, Спасский храм в «музейный период» не отапливался и не ремонтировался. После разорения в 1929 году киржачского музея он оказался и вовсе заброшенным. Летом 1930 года Киржачский Горсовет одновременного с Благовещенским начал «поломку» и Спасского храма. Но незаконное разрушение памятника истории и архитектуры было остановлено Главнаукой Наркомпроса РСФСР. В последующие десятилетия Спасский храм подвергся окончательному разграблению и естественному разрушению. В это время из усыпальницы бояр Милославских исчезли все каменные надгробия с художественной резьбой и белокаменная плита с именем строителя Ивана Андреевича Милославского, висевшая на южной стене этого храма. В 1963-1964 годах храм Всемилостивого Спаса отреставрировали вместе с Благовещенским собором. На него установили покрытый лемехом купол и крест. Были отремонтированы дверные и оконные проемы. Внутри здания ремонтные работы не производились. В 1983 году, когда городские власти Киржача решили использовать монастырские храмы под общественные нужды, на первом этаже Спасского храма предполагалось устроить молодежный клуб, на втором установить игровые аппараты. Но Господь не попустил свершиться очередному кощунству. И в 1990 году Спасский храм вместе с Благовещенским собором были переданы Русской Православной Церкви. 1 июля 1990 года священником Стефаном Бензюком после многолетнего перерыва в нем была отслужена первая Божественная Литургия. В 2008 году была произведена внешняя реставрация Спасского храма. Храм покрасили в его традиционные, желто-белые, цвета. На колокольне обновили купол и крест.
