Князь Андрей был убит в своём замке. Предполагаемое место убиения князя Андрея, находящееся под лестницей лестничной башни, сохранилось до настоящего времени. Вероятно, во искупление этого злодеяния и был основан в Боголюбове монастырь. Николай Воронин высказал предположение, что монастырь на территории замка был устроен при преемниках Андрея, в начале XIII века, однако ранние сведения об истории обители очень скудны и датируются гораздо более поздним временем. В академических списках древнерусских монастырей он не числится.
По грамоте царей Иоанна и Петра Алексеевичей 1687 года обитель стала патриаршим домовым монастырём, в 1753 году, синодальным, позднее перешёл в ведение владимирских архиереев, с 1882 года до закрытия управлялся викариями Владимирской епархии. При учреждении штатов в 1763 году монастырю был усвоен 3-й класс, в 1872 году 2-й, в 1891 году 1-й. Огромный, грузный собор в честь Боголюбской иконы Божией матери возведён в 1855—1866 годах в «русско-византийском стиле» по проекту его основоположника, Константина Тона.
В 1921—1923 годы настоятелем был викарий Владимирской епархии епископ Ковровский Афанасий Сахаров.
3 июня 1923 года монастырь был закрыт, 17 сентября того же года президиум Владимирского уездного исполкома принял решение о передаче всего имущества бывшего монастыря уездному и волостному исполкомам, постановлением того же исполкома от 21 декабря и Владимирского губземуправления от 8 января 1924 года ансамбль бывшего монастыря со всем имуществом передавался в ведение музейного отдела.
В 1991 году часть зданий была передана монашествующим во главе со схиигуменом Никодимом. 14 января 1997 года по решению священноначалия сюда были переведены 60 сестёр из Задонского Спасо-Преображенского монастыря; возникли два монастыря, мужской и женский. После этого началась активное возрождение монастыря. Собор Боголюбской иконы Божией Матери был полностью оштукатурен, проведено паровое отопление. В соборе повешены паникадила, центральное весом около 2 т и девять малых боковых, гранитом и мрамором выложен пол, белым мрамором, солея, алтарь, престол, жертвенник и горнее место. Отреставрированы росписи, в 2002 году изготовлен новый трёхъярусный резной позолоченный иконостас. Возведены хозяйственные постройки, посажен фруктовый сад, отреставрированы келейные корпуса. Есть швейная, иконописная, столярная мастерские. Праздничным звоном оглашают окрестности колокола весом 1050, 2500 и 8000 кг. На святом источнике у стен монастыря выстроена часовня и две купели, монашеская и мирская.
Возрождена традиция крестного хода с Боголюбской иконой Божией Матери, установленного в XVIII века, в память чудесного прекращения по молитвам перед образом страшного морового поветрия. Крестный ход из города Владимира в Свято-Боголюбский монастырь совершается ежегодно 1 июля, в день празднования Боголюбской иконы Божией Матери.
Силами и средствами Свято-Боголюбского монастыря завершено строительство подворья в урочище Спас-Купалище Судогодского района, расположенного возле впадения реки Судогды в реку Клязьму. Начиная с 2001 года, по благословению архиепископа Владимирского и Суздальского Евлогия на пустом месте был возведён целый монастырский комплекс с келейным корпусом и хозяйственными постройками, обустроен чудотворный источник, сейчас закончено восстановление Спасо-Преображенского храма, в котором возобновлены богослужения.
