Мощи преподобного Стефана были оставлены под спудом, а над ними вскоре была сооружена каменная церковь, ставшая северным приделом нового Троицкого храма. Придел был освящён в 1558 году в присутствии самого Ивана Грозного и царевны Анастасии, пожертвовавшей облачения на престол, пелены к иконам и покров на раку преподобного. Тщанием игумена Амфилохия и частично на его личные средства в Стефановском храме обновляется стенная живопись и предалтарный иконостас. Все настенные росписи в монастыре выполняет с 1885 года александровский живописец Фёдор Дмитриевич Лавровский. Вместе со своими сыновьями Фёдором и Дмитрием, получившими художественное образование в Московском Строгановском училище, он часто бывал в Махре, выполнял многие живописные работы, в 1906 году расписывал реконструированный Стефановский храм, обновлял иконы. По случаю предстоящего празднования 500-летия со дня блаженной кончины преподобного Стефана был значительно перестроен Стефановский храм. Освящение перестроенного храма совершил 5 июня 1906 года наместник Свято-Троицкой Сергиевой лавры архимандрит Товия в сослужении Махрищского строителя Мелхиседека с братией. Монастырь был закрыт 5 января 1923 года. В 1942 году разобрали Стефановскую и Троицкую церкви и колокольню, щебень от которых был использован на сооружение аэродрома в д. Слободка Киржачского района. В 1995 году насельницы обратились за помощью к президенту концерна «Росэнергоатом» Поздышеву Э.Н. С тех пор на протяжении уже более десяти лет Эраст Николаевич со своими сотрудниками делают все возможное для возрождения этой древней обители. Сегодня концерном руководит преемник Э.Н. Поздышева, Сергей Александрович Обозов. Новый руководитель не оставляет монастырь своими заботами и вниманием. Летом 1996 года начались изыскательные и археологические работы по исследованию остатков Стефановского храма. Фундамент его, состоящий из больших валунов, оказался в хорошем состоянии. 14 октября 1996 года состоялась торжественная закладка первого камня. Привезли колокола. Впервые после 75-летнего безмолвия окрестности огласились полнозвучным звоном. 14 октября 1997 года над храмом был поднят крест. 25 ноября было назначено освящение храма. Из летописи монастыря, датированной 25 ноября 1997 года, «Около десяти часов утра прибыл Святейший Патрирах Московский и всея Руси Алексий II. С пением тропаря Святой Троице Предстоятеля Русской Православной Церкви проводили в новый храм. Сей храм, построенный над обретёнными мощами преподобного Стефана Махрищского и считавшийся ранее северным приделом Троицкого собора, первоначально был освящён в 1558 году в присутствии царя Иоанна Грозного. И вот теперь, спустя почти 440 лет, престол во имя преподобного Стефана Махрищского освятил Святейший Патриарх. Впервые после стольких лет запустения Его Святейшеством была принесена Бескровная Жертва над местом погребения Махрищского чудотворца».
В канун праздника Пятидесятницы, 16 июня 2000 года, была установлена икона Святой Троицы и басменный Крест, увенчавший трехъярусный иконостас. В 2006 году у западной стены воссоздана крытая паперть в том виде, в котором она была пристроена в 1912 году. К 600-летию со дня преставления преподобного Стефана, летом 2006 года, над местом упокоения первоначальника обители была установлена рака с сенью, выполненная в технике басмы с элементами чеканки и литья. Автор работы Максим Лавданский. В 2007-2010 годах художниками мастерской «Киноварь» и сестрами обители храм был украшен наружными росписями и изразцами.
