Храм Богоявления Господня, наиболее древний в Лукиановой пустыни. Его возведение началось в 1680 году по инициативе преподобного Корнилия. Двуглавый объём храма, как и вытянутая по продольной оси двухстолпная трапезная, считаются уникальными образцами русской храмовой архитектуры конца ХVII века. Если говорить о стиле, то трапезная и храм напоминают постройки Успенского монастыря в Александрове, сооружённого по царскому заказу. Храм можно смело назвать примером столичной архитектуры, характерной для времени царя Фёдора Алексеевича Романова. Четверик и трапезная, возведённая каменщиками И. Константиновым и И. Семёновым, образуют единый, вытянутый в продольном направлении двухэтажный объём, заканчивающийся с востока двумя гранёными апсидами, более крупной с южной стороны и меньшей, придельной, с северной. Над восточной частью всего объёма возвышается общий для основного и придельного храмов четверик, вытянутый в поперечном направлении, он завершается двумя главками на круглых глухих барабанчиках. С запада видна шатровая колокольня с восьмигранным ярусом звона на квадратном в плане основании и двумя ярусами слухов в шатре. На колокольне установлены пять колоколов ХIХ-ХХ веков. Перед колокольней возведено белокаменное крыльцо с четырёхгранным шатром на четырёх столбах, вызывающее ассоциации с иллюстрациями русских народных сказок. Оно пристроено позднее, и его скромный эклектичный декор с арками и висячими «гирьками» подражает моде той поры. Помещения Богоявленского храма на двух этажах просторные, тогда как придел Феодора Стратилата имеет совсем небольшой размер и мельнькую апсиду. Приделы храма и апсиды перекрыты коробовыми сводами, а апсида придела, гранёной конхой. Помещения по сторонам колокольни имеют лотковые своды. Ныне Богоявленский храм, единственная действующая церковь в обители. От большой каменной паперти с колоннами и сводом, увенчанным крестом, крутая лестница ведёт к входу в храм. Стены лестничного пролёта расписаны в 2012 году иконописцем Н. Бердниковым. Внутри храма всё просто, отсутствует вычурность, стены не расписаны. Небольшие оконца и высокие сводчатые потолки создают приглушённое мягкое освещение даже в самые солнечные дни. В центральном приделе Богоявления Господня службы совершаются по праздникам и воскресным дням. В алтаре придела находится большая часть мощей преподобного Корнилия в латунном мощевике. На стене алтаря располагается икона Рождества Пресвятой Богородицы, хранившаяся до 1994 года у верующих деревни Исаевки. Место для братии монастыря отделено от трапезной части храма небольшим возвышением, на котором находится клирос, место игумена, и устанавливается праздничная икона. Обращает внимание расположенное здесь трёхъярусное латунное свечное паникадило на 32 свечи. В трапезной части придела на западной стороне второго столпа, большая икона Рождества Пресвятой Богородицы, написанная в 1998 году на основе информации об утраченном чудотворном образе. У южной стены трапезной части храма, справа от входа, в деревянном резном киоте хранится главный почитаемый в обители образ Рождества Пресвятой Богородицы ХIХ века, обнаруженный в Успенском монастыре в 1990-х годах. Северный придел, освящённый во имя Феодора Стратилата, используется для проведения служб в течение недели. Иконостас придела трёхъярусный, написанный в тёмно-зелёных тонах. Местные иконы, Господа Вседержителя и Божией Матери «Смоленская». На северной стороне второго от входа столпа находится икона Божией Матери «Неувядаемый Цвет» ХVIII века. Эта часть храма используется также для проведения таинства крещения и великого освящения воды в праздник Богоявления.
