К началу XX века пустынь представляла собой довольно благолепный монастырь, в котором было три храма. Третья церковь, каменная, с одним престолом во имя Сошествия Святого Духа на Апостолов, холодная, была устроена в жилом помещении на третьем этаже. Эта церковь была построена на средства помещицы Варвары Алексеевны Любавской, а после её смерти достроена на благотворительные средства и освящена в 1903 году.
В 1918-1919 годах обитель была закрыта, а имущество передано в ведение Уотсобесов и землеотделам. Обитель разорили, а монахов выгнали. Спасо-Преображенский Пронский мужской монастырь 95 лет не значился среди монастырей Русской Православной Церкви. В 1940-е годы в зданиях монастыря был размещен детский дом, затем Пронская специализированная, коррекционная, школа-интернат, существовавшая от времён окончания Второй мировой войны. Размещение детей-сирот, оставшихся без попечения родителей, помогло сохранить здания обители от полного разрушения, хотя и не в первоначальном виде. Не сохранились два храма обители, на месте Троицкого построили дом, а Свято-Духовский на третьем этаже братского корпуса был снесён; Трехсвятский храм «обезглавили», снеся барабан и купол, и переоборудовали в жилое помещение. После коррекционного интерната в помещениях монастыря расположился православный лагерь детского образовательного центра «Пронюшка».
В феврале 2011 года, по благословению правящего архиерея Рязанской епархии, началось возрождение древней Пронской святыни. Как только жизнь обители начала постепенно возрождаться, она приобрела статус Архиерейского подворья. В октябре 2013 года по решению Священного Синода был вновь открыт Спасо-Преображенский Пронский мужской монастырь.
