Богоявленский пятиглавый каменный храм, построен был в XVII веке. Из документов известно, что «в 1757 году, вместе с устройством монастырской ограды вход в церковь Богоявленскую был «закладен». В 1763 года церковь эта сгорела, но как видно не полностью, так как средства собирались только на иконостас, который был возобновлен в 1848 году иждивенцем рязанского купца Феодора Прокопьевича Филатова. В этой церкви и как считал С.Д. Яхонтов, сохранившим Московскую архитектуру, и колокольню с «слухами», в трапезной было два придела, Покрова Пресвятыя Богородицы и святого евангелиста Иоанна Богослова. Первый был устроен в 1647 году и 14 июля освящен преосвященным Моисеем. В Покровском приделе был произведен ремонт пола, а возобновлен придел был в 1848 году на средства купца И.В.Осьминина. Второй придел был устроен в 1779 году статским советником и кавалером М.К.Васильевым, и освящен преосвященным Симоном Лаговым.
В 1855 году губернскому архитектору Воронихину было предложено осмотреть новый иконостас в приделе апостола и евангелиста Иоанно Богослова, устроенный на средства надворной советницы госпожи Почтеновой рязанским цеховым Василием Любомировым. Воронихин в своем рапорте указал, что хотя иконостас устроен с отступлением от утвержденного святителем Гавриилом Городковым, архиепископом Рязанским планом, но «вся работа и устройство иконостаса достигает вполне благолепию храма и местности его». Говоря современным языком, иконостас был хорош, и отступления были сделаны по просьбе устроительницы иконостаса. Все было хорошо, только образ Марии Магдалины был сделан несоответственно условиям церковных изображений святых икон. К XX веку этот придел не сохранился. В 1888 году Рязанские епархиальные ведомости в хронике сообщали об освящении возобновленного Богоявленского храма Спасского мужского монастыря. Это событие происходило 16 октября. Божественную литургию совершал высокопреосвященный Феоктист, архиепископ Рязанский и Зарайский и Феодосий, викарий, епископ Михайловский. В связи с храмом находится шатровая колокольня, на котором было 6 колоколов. На двух из них были надписи. На одном, «лета 1647 слит сей колокол, при державе государя царя и великого князя Алексея Михайловича, Всея России, и лил тот колокол ко Всемилостивому Спасу, что на Рязани, в городе, коломенский епископ Рафаил, по своим родителям в вечной помин, с своим сыном тоя же обители Архимандритом Боголепом». Эта надпись была на самом большом колоколе, который, как говорят, отличался особенной звонкостью. На втором среднем колоколе надпись гласила «лета 1641 приложил сей колокол в монастырь Спасу Вседержителю старец Иона, прозвище Журавль». Эти колокола были сняты после революции 1917 года. Стал их звон якобы мешать трудовому люду в беспокойном XX веке. Мало кто знает, что в монастыре во второй половине XVII века была еще церковь над монастырскими вратами во имя Варлаама Хутынского, Новгородского чудотворца, которая была освящена 17 июня 1679 года митрополитом московским Иосифом. Существовала она недолго, так, как из истории известно, что когда в 1692 году обрушился Успенский собор, то пострадала и Варлаамовская церковь. И уже более не возобновлялась.
После революции в Богоявленском храме находились различные организации, а с 60-годов там размещается архив ЗАГС. В 2007 году были монастырю возвращены Спасо-Преображенский собор и Богоявленский храм, но располагавшиеся архивы в этих храмах реально покинули эти помещения год спустя. В 2008-2017 годах были проведены реставрационные работы по фасадам, барабанам и главкам.
