Храм в честь святых князей Бориса и Глеба расположен в старой части Коломны, Запруды, которую населяли раньше купцы и ремесленники. Впервые он упоминается в документах XVI века. До XVII века церковь была деревянной. Храмовая икона XIV века «Святые Борис и Глеб с житием» сейчас хранится в Государственной Третьяковской галерее.
Каменная церковь была построена в 1716-1726 годах неизвестным зодчим в стиле русского барокко, на средства местных состоятельных жителей К. Житникова и Н. Набокова. Во второй половине XVIII века начале XIX века храм перестроили, была пристроена трапезная в честь праведных Захарии и Елисаветы. Пятиглавие на тонких световых барабанах сохранилось, но в окончательном варианте главы оказались широко расставленными по углам. Нарядные оконные наличники упростили. К южному пределу пристроили крыльцо с колоннами. Дом, в котором родился писатель И.И. Лажечников, крещенный в Борисоглебской церкви, стоял неподалеку от храма. Вероятно, его родители были прихожанами этого храма. Сохранились сведения, что в начале XX века Борисоглебский храм неоднократно посещал Ф.И. Шаляпин, которому нравилась акустика храма. При храме действовала церковно-приходская школа.
Здание храма в советский период использовалось под ремонтные мастерские и склады, в Великую Отечественную войну в храме ремонтировали танки. Церковь сильно пострадала: колокольню разрушили, малые купола сбили, настенные росписи закрасили, утварь разграбили, в трапезной части пробили стену для въезда танков, в полу была яма для ремонта военной техники. Храм все больше ветшал и разрушался, никто не следил за его состоянием. Попытались даже устроить в четверике Борисоглебского придела второй этаж. Мощные рельсы для обустройства перекрытий второго этажа до сегодняшнего дня еще не демонтированы ввиду сложности и дороговизны данных работ.
В 1995 году храм вернули верующим, началось его возрождение. В 2007 году завершена наружная отделка четверика храма, он оштукатурен и выкрашен в красный цвет, символический цвет мученичества. В преддверии празднования Дня славянской письменности и культуры и накануне престольного праздника храма св. благоверных князей Бориса и Глеба на купола храма 13 мая 2007 года были водружены позолоченные кресты. В Захарие-Елисаветинском приделе при помощи благотворителей Глеба и Илии был установлен двухъярусный резной иконостас. В алтаре появились престол и жертвенник и вся необходимая для совершения богослужений утварь. Осенью этого же года в Захарие-Елисаветинском приделе стали проводить службы.
